Vaccinegate: تسلسل كامل للجينوم من MRC-5 الوارد في Priorix Tetra

Vaccinegate: تسلسل كامل للجينوم من MRC-5 الوارد في Priorix Tetra

كانت هذه التحليلات الأخيرة ممكنة بفضل المساهمة النشطة للجمعيات الفرنسية رابطة ليبرتي معلومات سانتي (ALIS)، الدوري الوطني لتحرير اللقاحات (LNPLV) والجمعية الأسترالية شبكة مخاطر التطعيم الأسترالية (AVN) أننا نشكر.


أصبحت أجهزة التسلسل من الجيل الجديد أدوات مفضلة للتحليلات المتعمقة في مجال البيولوجيا والطب ، ولا سيما الدقة. تتيح هذه الأدوات مقاربة جديدة وأكثر عالمية لسلسلة من التطبيقات مثل تسلسل de novo ، ودراسات metagenomics ، و epigenomics ، وتسلسل transcriptome ، وتسلسل الجينوم.

التطبيق الأخير (إعادة التسلسل) واسع الانتشار في المجال البشري لأغراض البحث والتشخيص على حد سواء ويتكون في التسلسل مع تقنية NGS (تسلسل الجيل التالي) لجينوم فردي كامل من أجل تعيين طفرات النوكليوتيدات المفردة (SNP ، نطق 'snip') ، عمليات إدراج وحذف متواليات طويلة أو أقل حدثت في مواضع معينة من الجينوم والاختلافات في عدد نسخ أجزاء من الجينوم / الجينات (CNV ، نسخ رقم المتغيرات). 

يفيد هذا الإجراء في فهم آليات تطور بعض الأمراض من أجل تحديد اتجاهات العلاج السريري في المستقبل ، كما في حالة السرطان. بهذه الطريقة ، في الواقع ، يمكن فك تشفير التراث الجيني لمريض السرطان تمامًا في الأنسجة الطبيعية والورم ، مما يسمح لفهم ما تغير في الجينوم ، وإذا أمكن ، للتدخل في البروتوكولات المستهدفة.

يتطلب إجراء إعادة التسلسل أن يتم تقسيم الحمض النووي للفرد ميكانيكياً إلى أجزاء صغيرة (400-500 زوج قاعدة) وأن الشظايا مرتبطة بمساحات الحمض النووي الاصطناعي التي تسمى المحولات ، والتي تسمح بربط شظايا الحمض النووي البشري على سطح زجاجي تُقرأ عليه القواعد (A ، C ، G ، T). تتم قراءة قواعد الحمض النووي من خلال دمج التفاعلات الكيميائية للنيوكليوتيدات التي تحمل جزيئات الفلورسنت. يتم بعد ذلك تعيين ملايين التتابعات (القراءات) التي تم الحصول عليها من التسلسل على سطح الزجاج ، على الجينوم المرجعي البشري باستخدام برنامج مناسب وبالتالي يتم تحديد جميع المتغيرات الموجودة في الجينوم الذي تم تحليله ، فيما يتعلق بالمرجع. 

تم تنفيذ هذا الإجراء نفسه على الجينوم البشري الموجود في الكثير Preix Tetra. ن. A71CB256A ، الجينوم الذي ينتمي إلى خط الخلية MRC-5 (من أصل الجنين) ؛ تم تنفيذ العمل في شركة تقع في الولايات المتحدة الأمريكية ، والتي تتعامل بشكل روتيني مع تحليل الجينوم البشري عن طريق إعادة التسلسل. *

* سيتم إدراج اسم المختبر الذي أجرى هذا التحليل في البيان التالي الذي سنودعه لدى النيابة العامة في روما وكذلك مع هيئات الرقابة الإيطالية والأوروبية. سيتم أيضًا تحديث الحقائق التي تودع نتائج التحليلات الممولة من Corvelva على الفور مع هذه النتائج المحيرة. نحن لا ننكر ذلك ، بصفتنا أولياء أمور في المقام الأول ، نشعر بالأسى إزاء النتائج التي أبلغنا عنها أدناه - إذا كان ما اكتشفناه حتى الآن غير كافٍ.


النتائج

تم العثور على الجينوم المرجعي البشري الذي تمت تغطيته بواسطة قراءات منشؤها من الحمض النووي لقاح 99.76 ٪ ، وبالتالي لجميع كلها تقريبا. الحمض النووي البشري الجنيني الممثّل في هذا اللقاح هو جينوم فردي كامل أو موجود في لقاح الحمض النووي الجينومي لجميع الكروموسومات للفرد الذكر (وفي الحقيقة فإن الجنين الذي يستمد منه خط خلية MRC-5 هو الذكر).

فيما يلي نتائج تحليل الأنواع المختلفة من المتغيرات فيما يتعلق بالجينوم المرجعي البشري.


متغيرات النوكليوتيدات المفردة (SNP) والإدخالات / عمليات الحذف القصيرة (InDels)

المتغيرات لقواعد الحمض النووي الفردية (SNP ، وضوحا "قصاصة") هي أشكال متعددة ، أي اختلافات في المادة الوراثية ، يتحملها نيوكليوتيد واحد. "InDels" ، من ناحية أخرى ، عبارة عن إدخالات وحذف صغيرة يقل طولها عن 50 pb وتشكل فئة أخرى من المتغيرات الجينية في الجينوم البشري.

تم تحديد ما مجموعه حوالي 3.6 مليون SNPs في جينوم اللقاح البشري (منها 98.31٪ تم الإبلاغ عنها بالفعل في قاعدة البيانات العامة dbSNP و 61.805 الجديدة أو الأصلية من هذا الحمض النووي) وحوالي 804 ألف InDels (منها 89.42٪ بالفعل ذكرت في dbSNP و 85.106،XNUMX جديد). 

تتماشى كمية SNP مع ما ورد في الأدبيات في "جينوم بشري نموذجي" بينما تكون كمية الإنديز في كمية أعلى من ما ورد في تقرير "The 1000 Genomes Project Consortium" أو 800 ألف مقارنة بـ 600 ألف.

CNV (نسخ رقم المتغيرات) و SV (المتغيرات الهيكلية)

المتغيرات في عدد النسخ (CNV) هي متغيرات جينية بسبب الاختلافات في عدد نسخ الأجزاء الكبيرة نسبيًا (أطول من 50 نقطة أساس) بين الجينومات الفردية. هناك نوعان من CNV: اكتب "ربح" (ربح نسخ) ونوع "ضياع" (ضياع النسخ). تم اكتشاف 218 CNVs في جينوم اللقاح البشري ، 82 منها من النوع "الكسب" (تغطي جزءًا من الجينوم يساوي حوالي 6.9 مليون زوج أساسي) و 136 "CNVs" (تغطي جزءًا من الجينوم) حوالي 70 مليون قواعد).

كما هو موضح من قبل مجموعة مشروع جينوم 1000 في "مرجع عالمي للاختلاف الوراثي البشري (Nature ، المجلد 526 ، 10 أكتوبر 2015)" يحتوي الجينوم البشري النموذجي على 2.100 إلى 2.500 متغير كبير بما في ذلك:

  • 1.000 حذف كبير
  • 160 صيغة في عدد النسخ (CNVs)
  • 10 الانتكاسات

التي تؤثر بشكل عام ، مع الأخذ في الاعتبار أيضا الإدراج ، على 20 مليون قاعدة تسلسل.

كما لوحظ بالنسبة لـ INDELs القصيرة ، حتى في حالة عمليات الإدراج والحذف الكبيرة ، فإن جينوم اللقاح لا يتماشى مع الجينوم البشري "الطبيعي" ، حيث يتم "إعادة ترتيبه" أكثر بكثير من جينوم الفرد العادي.


التصور الدائري للجينوم (مؤامرة السيرك)

يتم عرض تمثيل بياني لجينوم اللقاح يسمى "مؤامرة السيرك" (والذي يشيع استخدامه لتمثيل جينوم متسلسل) ، إلى جانب آخر يمثل جينوم معاد تسلسل يبدأ من الحمض النووي المستخرج من الدم لفرد سليم - الجينوم "الطبيعي":

كورفيلفا mrc5 1


معنى مختلف الدوائر متحدة المركز

كورفيلفا mrc5 2

7) تمثل الحلقة المركزية أكثر استدلال SV (المتغيرات الهيكلية) في المناطق الخارجية والربط. بين (برتقالي ، ترجمة) ، INS (أخضر ، إدراجات) ، DEL (عمليات حذف ، رمادي) ، DUP (مضاعفات ، وردي) و INV (انعكاسات ، أزرق).

6) الحلقة السادسة تمثل استنتاج CNV (المتغيرات في عدد النسخ). الأحمر يعني الحصول على قطع من الحمض النووي والأخضر يعني فقدان.

5) تمثل الحلقة الخامسة نسبة SNP في الزيجوت المتجانس (البرتقالي) وفي تغاير الزيجوت (الرمادي) بأسلوب الرسم البياني.

4) الحلقة الرابعة (الأخضر) تمثل كثافة snp بأسلوب "الرسم البياني للتشتت".

3) تمثل الحلقة الثالثة (سوداء) كثافة INDELs بأسلوب "تشتت الرسم البياني".

2) الحلقة الثانية (الزرقاء) تمثل تغطية يقرأ على غرار الرسم البياني.

1) الدائرة الخارجية (الدائرة الأولى) هي رقم الكروموسوم.     

يمكن أيضًا إجراء مقارنة تقريبية بين الحمض النووي للجنين والحمض النووي الخلوي HLa ، وهو خط الخلية الذي خُلد أيضًا في إنتاج لقاح شلل الأطفال.

كورفيلفا mrc5 3

يجب التأكيد على أن عمليات نقل خلايا الهيلا الممثلة في مؤامرة السيرك بواسطة خطوط النواة تشير إلى الجينوم بأكمله (وبالتالي جزء الترميز وغير الترميز) ، بينما في حالة خلايا لقاح الجنين فإنها تشير فقط إلى جينات الترميز.

ليس من الضروري أن تكون عالمًا لكي تفهم من السيرك ، بمجرد لمحة ، أن جينوم اللقاح ليس جينومًا يمكن تعريفه على أنه "طبيعي". الخطوط البرتقالية المتشابكة في وسط السيرك ، غير موجودة كثيرًا في الحلقة المقابلة من الجينوم "الطبيعي" ، تشير وحدها بالفعل إلى شذوذ هذا الجينوم.


الاستنتاجات 

الحمض النووي الجينومي البشري الموجود في لقاح Prorix lot. ن. من الواضح أن A71CB256A هو أمر شاذ ، حيث يمثل تناقضات مهمة فيما يتعلق بالجينوم البشري النموذجي ، أي القول بأن الشخص الأصحاء. هناك العديد من المتغيرات غير المعروفة (غير مذكورة في قواعد البيانات العامة) والعديد منها موجود في الجينات المشاركة في السرطان. ما هو غير طبيعي واضح أيضًا هو الجينوم الزائد الذي يظهر تغييرات في عدد النسخ (CNV) والمتغيرات الهيكلية (SV) ، مثل الترجمة ، والإدخالات ، والحذف ، والتكرار والانعكاسات ، التي يشتمل الكثير منها على الجينات.

المساهمة المحتملة للعديد من المتغيرات (غير موجودة في الأدبيات العلمية وفي قواعد البيانات العامة) في النمط الظاهري للخلايا المستخدمة لنمو فيروسات اللقاح غير معروفة.


داخل PDF ستجد جميع الأفكار المتعلقة أيضًا بتأثيرات الصحة والمراسلات مع EMA.


 تنزيل: CORVELVA-ري الجينوم التسلسل من إنسان Priorix-Tetra.pdf