Virus adventices et rubéole dans le lot Priorix Tetra A71CB256A

Au cours de la phase de dépistage de l'évaluation des contaminations et des impuretés du vaccin Priorix Tetra, divers problèmes critiques sont apparus: le premier concernait la non-détection du virus de la rubéole avec le niveau de séquençage utilisé; ce résultat doutant qu'il s'agissait d'une erreur dans la procédure utilisée, le niveau de séquençage a été considérablement augmenté jusqu'à atteindre une profondeur très élevée (260 millions de séquences produites). De cette façon, le virus de la rubéole a été détecté en 114 exemplaires, soit 0.00004% du total des séquences et grâce à une lecture manuelle des séquences, il a été possible d'éliminer toute source d'erreur du logiciel utilisé et de confirmer définitivement la présence de rubéole dans le échantillon.

Cependant, cette procédure a également permis d'identifier les virus adventices présents dans le faible nombre de copies, et ce qui a été constaté, c'est que le nombre de virus adventices dépassait celui du nombre de copies de la rubéole. Ensuite, deux autres questions très importantes ont émergé pour être résolues:

1. La rubéole est-elle présente dans le vaccin en quantité suffisante pour produire un effet immunogène ou peut-elle être considérée comme sous-seuil (c'est-à-dire comme une contamination fortuite)?
2. Les virus adventices sont-ils vraiment présents? Si oui, peuvent-ils être dangereux?

Concernant le point 1) nous pouvons remettre en question la capacité du virus de la rubéole atténué à agir comme un antigène immunogène en raison du nombre négligeable de copies et de l'atténuation qui affaiblit encore son efficacité, nous pouvons donc le considérer à tous égards comme un contaminant sous-seuil

Concernant le point 2) la liste des virus adventices détectés par criblage par comparaison avec les séquences déposées dans les bases de données officielles contenait un nombre important de virus dont l'identification aurait pu être attribuée par erreur par le logiciel qui les a classés, précisément en raison du degré d'incertitude lié à la très faible nombre d'exemplaires. Pour confirmer leur présence, il a fallu les vérifier un par un manuellement à l'aide d'un autre logiciel (BLAST) et il a ainsi été possible de confirmer la présence des rétrovirus contaminants suivants:

Ces virus sont connus pour être des contaminants accidentels des vaccins et leur danger potentiel est connu, c'est pourquoi les fabricants sont tenus de vérifier leur absence totale dans le vaccin.

Il découle de cette analyse approfondie de ce vaccin deux non-conformités d'efficacité et de sécurité confirmées:

• La présence en très faible nombre d'exemplaires (sous-seuil) de rubéole
• La présence de virus adventices potentiellement dangereux

Quant à la confirmation des traces d'autres génomes trouvés dans les données RNA-seq tels que les `` virus bactériens et environnementaux non classés '' qui comprennent les séquences de phages, le `` virus ARNdb '' et les `` virus à ARN non classés ShiM-2016 '' qui comprennent des génomes viraux peu connus, est une analyse manuelle approfondie est nécessaire pour démontrer l'affectation correcte et la présence effective. La présence du virus de l'hépatite B n'a PAS été confirmée par l'analyse BLAST.

Voici un tableau résumant ce qui est décrit dans le texte:

* Confirmé manuellement avec le logiciel BLAST

Télécharger : CORVELVA-Insights-présence-rubéole-et-virus adventice-Priorix-Tetra.pdf