וירוסים הרפתקניים ואדמת אדמה בקבוצת פריואריקס טטרה A71CB256A
בשלב הסקר להערכת הזיהום והזיהום של חיסון ה- Priorix Tetra, עלו מספר סוגיות קריטיות: הראשונה הייתה אי-גילוי נגיף אדמת ברמת הרצף המשמש; מכיוון שתוצאה זו העלתה את הספק שיכולה להיות שגיאה בהליך הנהוג, רמת הרצף הוגדלה משמעותית כדי להגיע לעומק גבוה מאוד (260 מיליון רצפים שהופקו). וירוס האודלה התגלה אפוא ב- 114 עותקים, שווה ל- 0.00004% מכלל הרצפים ועל ידי קריאה ידנית של הרצפים ניתן היה לחסל כל מקור שגיאה של התוכנה בה נעשה שימוש ולאשר באופן סופי את נוכחותה של אדמת במדגם.
עם זאת, הליך זה איפשר גם לזהות את הנגיפים הרפתקניים שנמצאים במספר נמוך של עותקים, ומה שראינו הוא שמספר העותקים של הנגיפים הרפתקניים עלה על מספר העותקים של אדמת. אז צצו עוד שני סוגיות חשובות מאוד בלתי פתורות:
- האם האדמת הנמצאת בחיסון מספיקה בכדי לייצר אפקט חיסוני או שניתן להחשיב אותה בתנאי סף משנה (כלומר כזיהום נלווה)?
- האם וירוסים הרפתקנים באמת קיימים? אם כן, האם הם יכולים להיות מסוכנים?
ביחס לנקודה 1) אנו יכולים לפקפק בחריפות ביכולתו של נגיף האדמת המנוכחת לפעול כנוגדן חיסוני בגלל המספר הזניח של העותקים וההנחתה המחלישה עוד יותר את יעילותו, כך שנוכל לשקול אותו לכל דבר ועניין כמזהם בתת-המשנה.
לגבי נקודה 2) רשימת הנגיפים הנלווים שהתגלתה על ידי הקרנה חשפה מספר רב של נגיפים, לאחר השוואה לרצפים שהופקדו במאגרי המידע הרשמיים, שניתן היה לייחס את זיהוים בטעות על ידי התוכנה שסיווגה אותם, בגלל אי הוודאות הקשורה למספר הנמוך מאוד. של עותקים. היה צורך באימות ידני אחד על מנת לאשר את נוכחותם באמצעות תוכנה אחרת (BLAST) ובכך ניתן היה לאשר את קיומם של הרטרווירוסים המזהמים הבאים:
|
רטרווירוס אנדוגני אנושי K |
32 רצפים |
|
וירוס אנמיה זיהומית |
2 רצפים |
|
נגיף לויקוזיס העופות |
2 רצפים |
|
HERV-H / env62 |
4 רצפים |
וירוסים אלו ידועים כגורמים מזהמי חיסון עתירי הרפתקנים וכן ידוע הסכנה הפוטנציאלית שלהם, וזו הסיבה שהיצרנים נדרשים לאמת את היעדרותם המלאה בחיסון.
מכאן עולה כי מניתוח מעמיק זה לחיסון זה אושרות שתי אי התאמות ביעילות ובטיחות:
- נוכחות במספר נמוך מאוד של עותקים (סף משנה) של אדמת
- נוכחות של וירוסים הרפתקנים שעלולים להיות מסוכנים
באשר לאישור עקבות של גנומים אחרים שנמצאו בנתוני ה- RNA כמו "נגיפים חיידקים וסביבתיים לא מסווגים" כולל רצפי פאגים, "נגיף dsRNA" ו"נגיף RNA לא מסווג ShiM-2016 "הכולל מעט מאוד גנים נגיפיים ויראליים ידועים, יש צורך בניתוח מעמיק נוסף על מנת להדגים את המשימה הנכונה ואת הנוכחות היעילה. נוכחות נגיף הפטיטיס B לא אושרה על ידי ניתוח BLAST.
להלן טבלה המסכמת את מה שמתואר בטקסט:
* מאושר באופן ידני על ידי תוכנת BLAST
הורדה: CORVELVA-ניתוח עומק-רצפים-נגיף-וירוסים-Priorix-Tetra.pdf
תורגם על ידי צוות CLiVa - www.clivatoscana.com