הגנום האנושי Priorix Tetra וקו תאי MRC-5 - מחקר השוואתי

הגנום האנושי Priorix Tetra וקו תאי MRC-5 - מחקר השוואתי

הצגת תוצאות קצרות

היום אנו מציגים מחקר מעמיק נוסף וחשוב מאוד על הרצף הגנומי של קו התאים שמצאנו בתוך החיסון הרביעי MPRV (חצבת, אדמת, חזרת ואבעבועות רוח) Priorix Tetra®, ושל קו התאים MRC-5 ( זה שמשמש כביכול בהתפתחות החיסון עצמו).

סיכום דוחות קודמים שפורסמו:

  1. ראשית, הדגמנו שכמות הדנ"א שנמצאת בחיסון הנ"ל היא הרבה מעבר לסף המותר;
  2. שנית, בדקנו כי קו התא הוא למעשה ה- MRC-5 המוצהר; 2
  3. לבסוף, ביצענו את רצף הגנום של קו התאים שהוצא ישירות מהחיסון, והדגשנו מוטציות עיקריות הפונות לאפשרות לסיכונים בריאותיים חמורים בשימוש בחיסון זה.

מה שאנחנו מציגים כאן הוא בדיוק עבודה השוואתית בין שני הגנומים: זה שמצאנו בפועל בתוך החיסון וזה שנרכש מבנק קווי התאים הבינלאומי בשם MRC-5.

התוצאה היא ששני השורות מציגות הבדלים חשובים מבחינת היציבות הגנטית. בפרט, גנום החיסון שונה באופן משמעותי לעומת קו התאים שנרשם בשנת 1966.

המשמעות היא שהמפיקים, במקרה זה של Priorix Tetra®, רכשו את קו התא בתנאים אופטימליים מנקודת המבט של יציבות גנטית, ועל ידי שימוש מתמשך לאורך זמן למטרות ייצור, שיווקו חיסונים המכילים יותר ויותר בהדרגה. חומר גנטי אנושי שונה, המסוכן לבריאותם של החוסנים עצמם.

מכיוון שסוכנויות הרגולציה אינן דורשות מעקב תקופתי אחר היציבות הגנטית של קווי העובר ואף אינן קובעות סף בטיחות מינימלי, אנו יכולים להסיק כי לא התקיימה דרישה בסיסית לאיכות ובטיחות החיסונים המתקבלים מקווי תאים אנושיים זמן מה, כלומר הצורך לוודא כי הם אינם מפתחים מוטציות וסידור מחדש שעלולים להיות מסוכנים ולהבטיח את חיסול שאריות חומר גנטי מעבד, אם קיימים.

אין באחריותנו לזהות איזה חלק מתהליך הייצור או השימור עשוי להשפיע על איכות ובטיחות המוצר, אך מה שנוכל לאשר היום באמצעות פרסום דוח זה, הוא הדחיפות לבצע בחינה מעמיקה של תוצאות הניתוחים שלנו. הודענו בשנתיים האחרונות, תוך התמקדות במוצר המוגמר, שנמכר ומנוהל ולא רק ב"מרכיבים "המורשים היחידים.

אנו רוצים להזכיר שוב כי מוצרים אלה הם חלק מתזמון החיסון האיטלקי וכעת הם מחויבים על אוכלוסיית הילדים בארצנו כמו גם במדינות אחרות באירופה ובכלל ברחבי העולם.

לסוכנויות הרגולטוריות מוטלת אחריות עצומה בכל הנוגע לבטיחות, שנמצאת בימים אלה במלים, אך בפועל, וככל שעולה מהניתוחים שלנו, אי אפשר להבטיח ולמעשה אין ספק שהיא מובטחת.


תצוגה מעגלית של גנומים (עלילת קרקס)

להלן ייצוג גרפי של שני הגנומים הנקראים 'עלילת קרקס'.

corvelva mrc5 1

הסבר על המעגלים המרוכזים השונים

  1. המעגל החיצוני (המעגל הראשון) הוא מספר הכרומוזום.
  2. הטבעת השנייה (כחולה) מייצגת את הכיסוי של קריאת סגנון ההיסטוגרמה. כל היסטוגרמה היא הכיסוי הממוצע של שטח של 0.5 Mbp.
  3. הטבעת השלישית (שחור) מייצגת את צפיפות ה- INDELs בסגנון 'גרף פיזור'. כל נקודה שחורה מחושבת כמספר ה- INDEL (הכנסות / מחיקות קטנות) בטווח של 1 מגהבייט לשנייה.
  4. הטבעת הרביעית (ירוקה) מייצגת את צפיפות ה- snp בסגנון 'גרף הפיזור'. כל נקודה ירוקה מחושבת כמספר ה- SNPs (גרסאות גרעין בודדות) בטווח של 1 מגהבייט לשנייה.
  5. הטבעת החמישית מייצגת את החלק של SNPs בסגנון היסטוגרמה הומוזיגוזיות (כתומה) והטרוזיגוזיות (אפורה). כל היסטוגרמה מחושבת מאזור של 1 מגהבייט.
  6. הטבעת השישית מייצגת את מסקנת ה- CNV (וריאנטים במספר עותקים). אדום פירושו רווח של חתיכות DNA וירוק פירושו אובדן.
  7. הטבעת המרכזית ביותר מייצגת את ההיקף של SV (גרסאות מבניות) באזורים המשושים והחביקים. TRA (כתום, טרנסלוקציות), INS (ירוק, הכניסות), DEL (מחיקות, אפור), DUP (כפילויות, ורוד) ו- INV (היפוכים, כחול).

סיכום

שני הגנומים מציגים הבדלים חשובים. בפרט נראה כי גנום החיסון מוטציה רציני בהשוואה לקו התאים שהופקד בשנת 1966. יש לומר שלא הייתה לנו אפשרות לרצף את קו התאים בו השתמש GlaxoSmithKline לייצור חיסון Priorix Tetra®, אך אחד מהמלאי המקורי.

לחברות התרופות המשתמשים בקווי תאים לייצור תרופות וחיסונים יש קו MRC-5 משלהן, אך עובדה זו אינה משנה את ספקנו, כלומר אין בקשה תקופתית למעקב אחר יציבות גנטית, וזה נושא מרכזי שלנו להציג, במיוחד מכיוון שהדבר מותר ללא מגבלת סף.


הורדה: CORVELVA-Priorix-Tetra-human-genome-and-MRC-5-line-line.pdf


הגנום האנושי Priorix Tetra® ו- MRC-5 תאי - מחקר השוואתי (ATCC MRC-5 ATCC® CCL-171 סטנדרטי)

נוכחות של נגיף אדמת הודגמה על ידי רצף של ספריית RNA-seq עם עומק גבוה במיוחד (כ- 260 מיליון רצפים שהפיקה Illumina). אותרו 114 רצפים של 260 מיליון, שווה ל- 0.00004% מכלל הרצפים. לאחר מכן אושרו רצפי הגנום של אדמת האדמה באופן ידני עם תוכנת BLAST (כלי חיפוש יישור מקומי בסיסי, https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi). הספרייה שהוצגה ברצף בעומק נמוך יותר (כ -12 מיליון מקטעי ההתאמה Illumina, שווים ל -6 מיליון שברי ספריה ברצף) לא גילתה את הימצאותם של כל קריאות המיוחסות לאדמת, במערכה זו.

רצפי וירוסים אחרים שנמצאים בחיסון (אבעבועות רוח, חצבת וחזרת) אושרו גם הם באותה דרך ידנית, המאשרים שהוקצו להם כראוי.


מבוא

רצפי הדור החדש הפכו לכלים שבחרו לניתוח מפורט בתחום הביולוגיה והרפואה, ובעיקר לדייקנות זו. כלים אלה מאפשרים גישה חדשה וגלובלית יותר לסדרת יישומים כמו רצף דה-נובו, מטגנומיקה, אפיגנום, רצף טרנסקריפט ורצף מחדש של גנום.

היישום האחרון (רצף מחדש) נפוץ בתחום האנושי הן למטרות מחקר והן לצורך אבחון והוא מורכב ברצף עם טכנולוגיית NGS (Next Generation Sequencing) של גנום אינדיבידואלי שלם על מנת למפות מוטציות של נוקלאוטידים יחידים (SNP, הגייה ' snip '), הכנסות ומחיקות של רצפים ארוכים פחות או יותר התרחשו במיקומים מסוימים של הגנום וריאציות במספר העותקים של חלקים מגנום / גנים (CNV, Copy Number Variants).

הליך רצף המחייב דורש כי ה- DNA של הפרט יתפרק באופן מכני לשברים בגודל קטן (400-500 bp), וקטעים אלה מקושרים לנתחים של DNA מלאכותי המכונים מתאמים, המאפשרים לקבע את שברי ה- DNA האנושי למשטח זכוכית. עליהם נקראים הבסיסים (A, C, G, T).

קריאת ה- DNA מתקבלת באמצעות שילוב תגובות כימיות של נוקלאוטידים המסומנים במולקולות פלואורסצנטיות. מיליוני הרצפים (קריאות) המתקבלים על ידי רצף התרחשו על משטח הזכוכית, לאחר מכן ממופים לתייחסות הגנום האנושי באמצעות תוכנה מתאימה ואז מזוהים כל הגרסאות הקיימות בגנום המנותח בהשוואה להפניה.

נוהל זה בוצע על הגנום האנושי שנמצא בקבוצת Priorix Tetra® n. A71CB256A ועל ה- DNA שחולץ מקו התא MRC-5, נרשם בשנת 1966 ב- ATCC (MRC-5 ATCC® CCL-171 ™).

ATCC הוא הארגון המוביל ברחבי העולם של משאבים וסטנדרטים של חומרים ביולוגיים שתפקידם מתמקד ברכישה, אימות, ייצור, שימור, פיתוח והפצה של מיקרואורגניזמים התייחסות, קווי תאים וחומרים סטנדרטיים ביולוגיים אחרים. היא הוקמה בשנת 1925, כאשר ועדת מדענים הכירה בצורך באוסף ריכוזי של חומרים ביולוגיים שיכול לשרת מדענים ברחבי העולם.

קו התא MRC-5 נגזר מרקמת ריאה תקינה מעובר זכר בן 14 שבועות והופקד ב- ATCC על ידי ג'ייפ ג'ייקובס בספטמבר 1966. תאים אלה מוצהרים ככאלה שמסוגלים להכפיל 42-46 אוכלוסיות לפני הנסיון. מתחיל. מאמר ההתייחסות לקו תאים זה משנת 1970: https://www.nature.com/articles/227168a0


תוצאות

כפי שהוצג בעבר, ה- DNA האנושי שנמצא במגרש Priorix Tetra®. n. A71CB256A (המצוין בתרשימים הבאים בשם "מדגם ID12051PT") הוא גנום אינדיבידואלי שלם, כלומר ה- DNA הגנומי של כל הכרומוזומים של אדם גברי קיים. גרפי הכיסוי (עומק ממוצע = כיסוי ממוצע) של 22 הכרומוזומים האנושיים וכרומוזומי ה- X ו- Y מוצגים להלן, עבור החיסון (תמונה למעלה) וקו התא MRC5 (תמונה למטה).

corvelva mrc5 1

להלן מוצגות תוצאות הניתוח של סוגים שונים של וריאנטים.


פולימורפיזם של נוקליאוטיד בודד (SNP) ותוספות / מחיקות קצרות (InDels)

הווריאציות של DNA בודד בודד (SNP, מבוטא 'צלף') הן פולימורפיזמות, כלומר וריאציות של החומר הגנטי, הנישאות על ידי נוקלאוטיד בודד. ה- 'InDels' הם הכנסות ומחיקות קטנות באורך של פחות מ 50bp ומהווים סוג אחר של גרסאות גנומיות בגנום האנושי.

SNP (פולימורפיזם של נוקליאוטידים בודדים) - ID12051PT

corvelva mrc5 1


SNP (פולימורפיזם של נוקליאוטידים בודדים) - MRC-5

corvelva mrc5 1


InDels (כניסות / מחיקות קצרות) - ID12051PT

corvelva mrc5 1


InDels (כניסות / מחיקות קצרות) - MRC-5

corvelva mrc5 1


CNV (גרסאות מספר העתקה) ו- SV (גרסאות מבניות)

וריאנטים של מספר העותק (CNV) הם גרסאות גנומיות עקב וריאציות במספר העותקים של שברים גדולים יחסית (יותר מ -50 bp) בגנומים בודדים. ישנם שני סוגים של CNV: סוג 'רווח' (עותק רווח) וסוג 'הפסד' (אובדן עותקים).

גרסאות מבניות (SV) הן גרסאות גנומיות בעלות ממדים גדולים יחסית (> 50 bp) כולל מחיקות, כפילויות, הכנסות, היפוכים ותרגיות.

CNV (גרסאות מספר העתק)

corvelva mrc5 1

corvelva mrc5 1


SV (גרסאות מבניות)

corvelva mrc5 1corvelva mrc5 1


הדמיה מעגלית של גנום (עלילת קרקס)

להלן ייצוג גרפי של שני הגנומים הנקראים (circos plot).

corvelva mrc5 1

corvelva mrc5 1


משמעות המעגלים המרוכזים השונים

  1. המעגל החיצוני (מעגל ראשון) הוא מספר הכרומוזום.
  2. הטבעת השנייה (כחולה) מייצגת את הכיסוי של קריאות בסגנון ההיסטוגרמה. כל היסטרוגרמה היא הכיסוי הממוצע של שטח של 0,5 Mbp.
  3. הטבעת השלישית (שחור) מייצגת את צפיפות ה- INDELs בסגנון 'גרף פיזור'. כל נקודה שחורה מחושבת כמספר INDELs, (הכנסות / מחיקות קטנות) בטווח של 1 מגהבייט לשנייה.
  4. הטבעת הרביעית (ירוקה) מייצגת את צפיפות ה- snp בסגנון 'גרף פיזור'. כל נקודה ירוקה מחושבת כמספר ה- SNPs (פולימורפיזם של נוקליאוטידים בודדים) בטווח של 1 מגהבייט לשנייה.
  5. הטבעת החמישית מייצגת את חלק ה- SNP ההומוזיגואי (כתום) והטרוזיגי (אפור) בסגנון היסטוגרמה. כל היסטוגרמה מחושבת מאזור של 1 מגהבייט.
  6. הטבעת השישית מייצגת את ההסקה ל- CNV (גרסאות מספר העתק). אדום פירושו שחלקי DNA רווחים וירוק פירושו אובדן.
  7. הטבעת המרכזית ביותר מייצגת את ההשפעה SV (גרסאות מבניות) באזורים האקזוניים והשחבוריים. TRA (טרנסלוקציה, כתום), INS (הכנסות, ירוק), DEL (מחיקות, אפור), DUP (כפילויות, ורוד) ו- INV (היפוכים, כחול).

מסקנות

שני הגנומים הללו מראים הבדלים חשובים. באופן ספציפי, מתברר כי גנום החיסון השתנה מאוד בהשוואה לזה של קו התא שהופקד בשנת 1966. יש לומר כי לא הייתה לנו אפשרות לבצע את רצף קו התא המשמש את GlaxoSmithKline לייצור חיסון ה- Priorix Tetra®, אך זה של המלאי המקורי. לחברות התרופות המשתמשות בקווי תאים לייצור תרופות וחיסונים יש קו MRC-5 משלהן, אך זה לא משנה את החשדות שלנו, כלומר, העובדה שבקרת יציבות גנטית אינה נדרשת מעת לעת היא חמורה ביותר, לדעתנו, במיוחד מכיוון שמותר להיות נוכח ללא סף גבול.


מסקנות

שני הגנומים מראים הבדלים חשובים. בפרט, גנום החיסון מתברר כי הוא השתנה מאוד בהשוואה לזה של קו התאים שהופקד בשנת 1966. יש לומר שלא הייתה לנו אפשרות לרצף את קו התא שמשמש GlaxoSmithKline לייצור החיסון Priorix Tetra, אלא זה של המניה מקורי. לחברות התרופות המשתמשים בקווי תאים לייצור תרופות וחיסונים יש קו MRC-5 שלהן אך זה לא משנה את החשדות שלנו, כלומר העובדה שבקרת יציבות גנטית אינה נדרשת מעת לעת וזה מאוד חמור לדעתנו , יותר מכל משום שמותר להיות נוכח ללא גבול.