חיסון: MRC-5 הכלול ב- Priorix Tetra - רצף גנום מלא

חיסון: MRC-5 הכלול ב- Priorix Tetra - רצף גנום מלא

הניתוחים האחרונים הללו התאפשרו בזכות תרומתם הפעילה של האגודות הצרפתיות ידיעות האיגוד Liberté Santé (Alis), Ligue nationale pour la liberté des חיסונים (LNPLV) והאיגוד האוסטרלי רשת סיכוני חיסון אוסטרלי (AVN)אנו מודים.


רצף של הדור החדש הפכו לכלי המועדף לניתוח מעמיק בתחום הביולוגיה ומדעי הרפואה, ובמיוחד אלו בעלי דיוק גבוה. בזכות כלים אלה אנו יכולים לגשת בצורה מודרנית ומקיפה יותר למספר יישומים כמו רצף דה-נובו, מחקרים מטגנומיים ואפיגנומיים, רצף טרנסקריפטים ורצף מחדש של גנום.

זה האחרון (רצף מחדש) נמצא בשימוש נרחב בתחום האנושי, הן למטרות מחקר והן לאבחון והוא מורכב מ- NGS - הדור הבא רצף של גנום בודד שלם, למיפוי מוטציות יחיד נוקלאוטידים (SNP), הכנסות ומחיקות של עוד או פחות רצפים ארוכים שהתרחשו במיקומים מסוימים בגנום, וריאציות במספר העותקים של חלקים / גנים גנומיים (CNV, Copy Number Variants).

הליך זה מסייע בהבנת מנגנון ההתפתחות של כמה פתולוגיות, על מנת לזהות את ההוראות לטיפול קליני עתידי כמו במקרה של סרטן למשל. אכן, בשיטה זו ניתן לפענח את המורשת הגנטית של חולה סרטן ברקמה רגילה וגם בסרטן, וכך לאפשר לנו להבין מה בדיוק השתנה בגנום, ובמידת האפשר כיצד להתערב באמצעים ממוקדים.

הליך הרצף המחודש דורש כי ה- DNA של אדם ישבר באופן מכני לשברים במימדים קטנים (400-500 זוגות בסיס) וחלקי DNA מלאכותיים בשם מתאמים נקשרים לשברים אלה; מתאמים מאפשרים לקשור את שברי ה- DNA האנושי למשטח זכוכית שעליו מתבצעות הבסיסים הקוראים (A, C, G, T). קריאת זוגות בסיס ה- DNA מתרחשת באמצעות תגובות כימיות, כלומר שילוב של נוקלאוטידים שסומנו על ידי מולקולות פלואורסצנטיות. מיליון הרצפים (קריאות) המתקבלים כך ממופים אז על גנום הייחוס האנושי על ידי תוכנה ספציפית וכל הזנים משתנים ומשווים בין הגנום המנותח לגנום הייחוס.

נוהל זה בוצע על הגנום האנושי ב- Priorix® Tetra lot n. A71CB256A, גנום השייך לקו התא MRC-5 (ממוצא עוברי); העבודה בוצעה על ידי חברה בארצות הברית, העוסקת באופן שגרתי בניתוח רצפי הגנום האנושי. *

* שם המעבדה שביצעה את הניתוח ייכלל בתלונה הרשמית הבאה שנגיש בפרקליטות ברומא וכן בגופי הרגולציה האיטלקיים והאירופיים. העמותות שמגישות את הניתוח במימון קורבלבה יתעדכנו מייד בתוצאות המזעזעות הללו. אנו לא מכחישים שאנו חשים במצוקה, במיוחד כהורים, בגלל התוצאות הללו שאנו מדווחים עליהם - כאילו מה שגילינו עד כה לא הספיק לדאוג לגביו.


תוצאות

נמצא כי גנום הייחוס האנושי תואם 99.76% מהקריאות מ- DNA מחיסון, שפירושו כמעט במלואו. ה- DNA העוברי האנושי המוצג בחיסון זה הוא גנום שלם יחיד, שפירושו שהחיסון מכיל DNA גנומי עם כל הכרומוזומים של אדם זכרי (למעשה MRC-5 מקורו בעובר זכר).

להלן תוצאות הניתוח של סוגים שונים של גרסאות בהשוואה לגנום האנושי המתייחס.


גרסה בודדת של נוקליאוטידים (SNP - פולימורפיזם של נוקליאוטידים בודדים) ותוספות / מחיקות קצרות (InDels)

גרסאות בסיס בודדות של DNA (SNP) הן פולימורפיזם, שמשמעותו מוטציות של חומר גנטי של נוקלאוטיד יחיד.

במקום זאת, ה InDels הם הכנסות ומחיקות קטנות באורך של פחות מ- 50 bp ומהווים סוג שונה של גרסאות גנומיות בגנום האנושי.

בגנום האנושי של החיסון זוהו 3.6 מיליון SNP (98.31% מתוכם כבר מדווחים במאגר הציבורי dbSNP ו- 61.805 חדשים, כלומר מקוריים ב- DNA זה) וכ 804.000 InDels (89.42% מהם דיווחו כבר ב- dbSNP ו- 85.106 חדש).

כמות ה- SNP תואמת את מה שדווח בספרות על / ב"גנום אנושי טיפוסי ", ואילו ה- InDels מביא לכמות גבוהה יותר לעומת מה שדווח על ידי" קונסורציום 1000 Genomes Project "כלומר 800.000 לעומת 600.000 .


CNV (גרסאות מספר העתקה) ו- SV (גרסאות מבניות)

וריאנטים של מספר העותקים (CNV) הם גרסאות גנומיות עקב וריאציות במספר העותקים של שברים גדולים יחסית (יותר מ -50 bp) בין גנים בודדים. ישנם שני סוגים של CNVs: הקלידו "רווח" (רווח עותקים) וסוג "הפסד" (אובדן עותקים). 218 CNV התגלו בגנום החיסון האנושי, מתוכם 82 "רווח" (המכסה חלק מהגנום של כ -6.9 מיליון זוגות בסיס) ו- 136 CNV מסוג "אובדן" (המכסה חלק מהגנום של כ -70 מיליון בסיסים).

כפי שתואר על ידי קונסורציום 1000 הגנונים בפרויקט "התייחסות עולמית לשונות גנטית אנושית (Nature, כרך 526, 10 באוקטובר 2015)" גנום אנושי טיפוסי מכיל בין 2,100 ל- 2,500 גרסאות גדולות הכוללות:

  • 1,000 מחיקות גדולות
  • 160 גרסאות במספר עותקים (CNV)
  • 10 היפוכים

שמשפיעים יחדיו על 20 מיליון הבסיסים של הרצף, גם בהתחשב בתוספות.

כפי שניתן לראות ב- INDELs הקצרים, גם במקרה של הכנסות ומחיקות גדולות, גנום החיסון אינו אפוא בקנה אחד עם הגנום האנושי "הרגיל", היות שהוא "מסודר" הרבה יותר מגנום של אדם משותף.


חזון מעגלי של הגנום (עלילת קרקס)

להלן ייצוג גרפי של גנום החיסון המכונה "מזימה של קרקס" (המשמש בדרך כלל לייצוג של גנום המופיע ברצף מחדש), לצד אחד אחר המייצג גנום שרצף מחדש מ- DNA המופק מדמו של אדם בריא - גנום "רגיל" :

corvelva mrc5 4


משמעות המעגלים הקונצנטריים

corvelva mrc5 2

7) הטבעת המרכזית ביותר מייצגת את ההיקף SV (גרסאות מבניות) באזורי האקסון והאיחוס. TRA (כתום, טרנסלוקציות), INS (ירוק, הכניסות), DEL (מחיקות, אפור), DUP (כפילויות, ורוד) ו- INV (היפוכים, כחול).

6) המעגל השישי מייצג את נקודת ה- CNV (גרסאות מספר העתק). אדום פירושו שרצפי DNA צוברים וירוק פירושו אובדן.

5) הטבעת החמישית מייצגת את הפרופיל של SNP בהומוזיגוזיות (כתום) והטרוזיגוזיות (אפור) במערך ההיסטוגרמה.

4) הטבעת הרביעית (ירוקה) מייצגת את צפיפות ה- SNP במערך תרשים פיזור.

3) הטבעת השלישית (שחור) מייצגת את צפיפות INDEL במערך תרשים פיזור.

2) הטבעת השנייה (תכלת) מייצגת את הקריאות המכוסות בפריסת ההיסטוגרמה.

1) המעגל החיצוני (המעגל הראשון) הוא מספר הכרומוזום.

ניתן לערוך השוואה משוערת בין DNA עוברי לתא ה- HeLa של תאי HeLa, קו התאים המונצח המשמש גם לייצור החיסון נגד פוליו.

corvelva mrc5 5

שימו לב כי הטרנסלוקציות של תאי HeLa המיוצגות בעלילת הקרקס על ידי קווי הגרעין, מופנות לגנום כולו (ומכאן החלק המקודד והלא-קידוד), כאשר במקרה של תאי חיסון עוברים הם מתייחסים רק לגנים מקודדים .

לא צריך להיות מדען כדי להבין מהקרקסים, פשוט במבט חטוף, שגנום החיסון אינו גנום שניתן להגדירו כ"נורמלי ". הקווים הכתומים השזורים במרכז הקרקסים, לא רבים כל כך בטבעת המתאימה של הגנום ה"רגיל ", כבר הגיוניים לאנומליה של הגנום הזה.


ניתוח וריאנטים בגנים סרטניים

הניתוח על גרסאות SNP, InDels, CNV, SV על 560 גנים שנבחרו מכיוון שהיו מעורבים בסוגים שונים של סרטן אנושי מראה נוכחות של גרסאות "מקוריות" רבות, כלומר, הן אפילו לא קיימות במאגרי מידע ציבוריים, ולכן לא ידוע בספרות. במילים אחרות, זוהו שינויים חשובים בגנים הידועים כקשורים לצורות שונות של גידולים, עבור כל 560 הגנים המאומתים; יתר על כן, ישנם גרסאות אשר תוצאותיהן אינן ידועות אך עם זאת משפיעות על גנים המעורבים בהשראת סרטן אנושי.


סיכום

ה- DNA הגנומי האנושי הכלול בחיסון המון פריואריקס. n. נראה כי A71CB256A הוא לא נורמלי, ומציג חוסר עקביות חשובה אם משווים אותו לגנום אנושי טיפוסי, כלומר זה של אדם בריא. ישנן מספר גרסאות לא ידועות (שלא צוינו במאגרי מידע ציבוריים) וחלקן ממוקמות בגנים המעורבים בסרטן. מה שככל הנראה גם חריג, הוא עודף הגנום שמראה שינויים בכמות העותקים (CNV) ובגרסאות מבניות (SV), כגון טרנסלוקציות, הכנסות, מחיקות, כפילויות והיפוכים, שרבים מהם כוללים גנים.

לא ידוע מה תרומתם הפוטנציאלית של מגוון הגרסאות (שלא קיימות בספרות המדעית ובמאגרי מידע ציבוריים) לפנוטיפ של התאים המשמשים לצמיחת נגיפי חיסונים.


בתוך ה- PDF תוכלו למצוא את כל התובנות שקשורות גם להשלכות על הברכה והתכתבות עם ה- EMA.


הורדה: CORVELVA-MRC-5-כלול-in-Priorix-טטרה-Complete-הגנום רצף