דו"ח נגיפי quasispecies התגלה בשני מגרשי פריוטריקס טטרה
דוח זה הוא טכני מאוד, במיוחד עבור "אנשי מקצוע", אך אנו ממליצים להציג את המסמך כולו, אותו תוכלו למצוא בקישור בתחתית המאמר, שם ניסינו להסביר בצורה פשוטה את הסיבות מדוע חקר quasispecies הוא חשיבות כה גדולה. זה מאפשר להעריך היבטים שונים:
- אם הנגיפים הכלולים בחיסון מסוגלים להשתנות ללא שליטה בין קבוצות,
- אם ככלל אוכלוסיית המוטנטים יכולה להכיל וירוסים שמסוגלים להחזיר ולהדביק את החוסנים,
- האם אוכלוסיה זו יכולה לפעול על ידי גרימת לחץ סלקטיבי על הסביבה, גרימת התנגדות בלתי נמנעת לחיסון.
מה מצאנו?
התוצאות הראשונות של ניתוח הגנום של נגיפי החיסון הכלולים בשני המון פריוריוס טטרה אישרו את הדברים הבאים:
- ניתן לרצף אבעבועות רוח (נגיף DNA), חזרת ונגי חצבת.
- נגיף האדמת לא היה בכמות מספקת כדי להיות רצף.
- מבין שלושת הנגיפים ברצף, נגיף החצבת לא היה בכמות מספקת כדי לבדוק נוכחות של אוכלוסיות מוטציות.
מכאן נובע כי נגיפי אבעבועות רוח ו חזרת נחקרו לעומק. התוצאות מאשרות את נתוני הספרות המדווחים על הימצאות quasispecies עבור שני הנגיפים.
זוהו 245 גרסאות בגנום אבעבועות רוח בהשוואה לגנום הייחוס ששימש לניתוח (הגנום הפרוע של זן דומא). מבין הגרסאות הללו, 154 הם גרסאות 'עיקריות' לעומת הנגיף הפרוע הנתמך על ידי כל הרצפים המכסים את האתר הפולימורפי, בעוד השאר 91 הם וריאציות קלות (גרסאות מיעוט), כלומר אתרים המציגים, ביחס לגנום הייחוס, מוטציה עם תדירות נמוכה מ- 100% (בדרך כלל בין 1% ל- 80%).
מההשוואה בין הווריאציות שנמצאו בשני המגרשים לא עולה שום הבדל, זה מכיוון שאבעבועות רוח היא נגיף DNA עם תדירות פחות מוטציה.
40 וריאנטים מינוריים זוהו בגנום החיסון נגד חזרת בהשוואה לגנום הייחוס ששימש לניתוח (גנום חיסון ג'ריל-לין), המקומי ביותר בגן ה- NP (חלבון נוקלאוקפסיד) ובעל השפעה נמוכה על החלבון (גרסאות נרדפות, כלומר לא מובילות לשינוי בחומצה אמינית) או מתונים ('missense' גרסאות, כלומר העופרת לשינוי בחומצה אמינית, או למוטציות שאינן נרדפות) בחלבון המקודד.