חיסון: רצף גנום מלא של MRC-5 הכלול ב- Priorix Tetra

חיסון: רצף גנום מלא של MRC-5 הכלול ב- Priorix Tetra

ניתוחים אלה האחרונים היו אפשריים בזכות התרומה האקטיבית של האגודות הצרפתיות ידיעות האיגוד Liberté Santé (Alis), Ligue nationale pour la liberté des חיסונים (LNPLV) והאגודה האוסטרלית רשת סיכוני חיסון אוסטרלי (AVN) שאנחנו מודים.


רצפי הדור החדש הפכו לכלים לבחירה לניתוחים מעמיקים בתחום הביולוגיה והרפואה, ובעיקר לדייקנות זו. כלים אלה מאפשרים גישה חדשה וגלובלית יותר לסדרת יישומים כמו רצף דה-נובו, מחקרי מטגנום, אפיגנום, רצף טרנסקריפט ורצף מחדש של גנום.

היישום האחרון (רצף מחדש) נפוץ מאוד בתחום האנושי הן למטרות מחקר והן לצורך אבחון והוא מורכב ברצף עם טכנולוגיית NGS (Next Generation Sequencing) של גנום אינדיבידואלי שלם על מנת למפות מוטציות של נוקלאוטידים בודדים (SNP, הגייה 'לצלוף'), הכנסות ומחיקות של רצפים ארוכים פחות או יותר התרחשו במיקומים מסוימים של הגנום וריאציות במספר העותקים של חלקים מגנום / גנים (CNV, Copy Number Variants).

הליך זה שימושי להבנת מנגנוני ההתפתחות של פתולוגיות מסוימות על מנת לזהות את ההוראות לטיפול קליני עתידי, למשל במקרה של סרטן. בשיטה זו, למעשה, ניתן לפענח לחלוטין את המורשת הגנטית של חולה סרטן ברקמות רגילות וגידוליות, ולאפשר להבין מה השתנה בגנום, ואם אפשר, להתערב עם פרוטוקולים ממוקדים.

הליך הרצף המחודש דורש כי ה- DNA של הפרט יתפרק באופן מכני לשברים קטנים (400-500 זוגות בסיס) וכי שברים קשורים לקטעי DNA מלאכותיים הנקראים מתאמים, המאפשרים לקשור את השברים של DNA אנושי למשטח זכוכית עליו נקראים הבסיסים (A, C, G, T). בסיסי ה- DNA נקראים על ידי שילוב תגובות כימיות של נוקלאוטידים המסומנים במולקולות פלואורסצנטיות. מיליוני הרצפים (קריאות) המתקבלים מרצף על משטח הזכוכית, ממופים אחר כך על הגנום האזכור של האדם בעזרת תוכנה מתאימה ולכן כל הזנים שנמצאים בגנום המנותח מזוהים, ביחס להתייחסות.

הליך זה בוצע על הגנום האנושי שנמצא במגרש ה- Priorix Tetra. n. A71CB256A, גנום השייך לקו התא MRC-5 (ממוצא עוברי); העבודה בוצעה בחברה הממוקמת בארצות הברית, העוסקת באופן שגרתי בניתוח הגנום האנושי על ידי רצף מחודש. *

* שם המעבדה שביצעה ניתוח זה ייכלל בהצהרה הבאה שנפקיד אצל הפרקליטות ברומא כמו גם בגופי הבקרה האיטלקיים והאירופיים. המציאויות המפקידות את תוצאות הניתוחים הממומנים על ידי קורבלווה יתעדכנו מייד בתוצאות תמוהות אלה. איננו מכחישים כי כהורים מלכתחילה אנו במצוקה מהתוצאות עליה אנו מדווחים למטה - אם מה שגילינו עד כה לא הספיק.


תוצאות

נמצא כי גנום ההתייחסות האנושי מכוסה על ידי קריאות שמקורן ב- DNA של החיסון עבור 99.76%, ולכן כמעט בכל שלמותו. ה- DNA האנושי של העובר המיוצג בחיסון זה הוא אפוא גנום אינדיבידואלי שלם או שנמצא בחיסון ה- DNA הגנומי של כל הכרומוזומים של אדם זכרי (ולמעשה העובר ממנו נובע קו התא MRC-5 הוא זכר).

להלן תוצאות הניתוח של סוגים שונים של וריאנטים ביחס לגנום ההתייחסות האנושי.


גרסאות גרעין בודדות (SNP) ותוספות / מחיקות קצרות (InDels)

הווריאציות של בסיסי DNA בודדים (SNP, מבוטא 'צלף') הן פולימורפיזמות, כלומר וריאציות של החומר הגנטי, הנישאות על ידי נוקליאוטיד יחיד. לעומת זאת, ה- 'InDels' הם הכנסות ומחיקות קטנות שאורכן פחות מ -50 פ"ג ומהווים סוג אחר של גרסאות גנומיות בגנום האנושי.

בסך הכל זוהו כ -3.6 מיליון SNPs בגנום החיסון האנושי (מתוכם 98.31% דיווחו כבר במאגר הציבורי dbSNP ו- 61.805 חדשים, או מקוריים ל- DNA זה) וכ -804 אלף אינדליים (מתוכם 89.42% כבר דיווחו ב- dbSNP ו- 85.106 חדשים).

כמות ה- SNP תואמת את מה שמדווח בספרות ב"גנום אנושי טיפוסי "בעוד שהאינדלס נמצאים בכמות גבוהה יותר ממה שמדווח על ידי" קונסורציום 1000 גנוני פרויקט "או 800 אלף לעומת 600 אלף.

CNV (גרסאות מספר העתקה) ו- SV (גרסאות מבניות)

וריאנטים במספר עותקים (CNV) הם גרסאות גנומיות עקב וריאציות במספר העותקים של שברים גדולים יחסית (יותר מ -50 bp) בין גנים בודדים. ישנם שני סוגים של CNV: סוג "רווח" (רווח עותקים) וסוג "הפסד" (אובדן עותקים). 218 נוגדי CNV התגלו בגנום החיסון האנושי, 82 מהם מסוג "רווח" (המכסה חלק מהגנום שווה בערך 6.9 מיליון זוגות בסיס) ו- 136 "אובדן" CNVs (המכסים חלק מהגנום) בערך 70 מיליון בסיסים).

כפי שתואר על ידי קונסורציום 1000 הגנונים בפרויקט "התייחסות עולמית לשונות גנטית אנושית (Nature, כרך 526, 10 באוקטובר 2015)" גנום אנושי טיפוסי מכיל בין 2.100 ל- 2.500 גרסאות גדולות הכוללות:

  • 1.000 מחיקות גדולות
  • 160 וריאציות במספר עותקים (CNV)
  • 10 היפוכים

המשפיעים באופן כללי, בהתחשב גם בתוספות, על 20 מיליון בסיסי רצף.

כפי שנצפה ב- INDEL קצרים, גם במקרה של הכנסות ומחיקות גדולות, גנום החיסון אינו תואם אפוא גנום אנושי 'רגיל', והוא הרבה יותר "מסודר" מגנום של אדם משותף.


הדמיה מעגלית של הגנום (עלילת קרקס)

להלן ייצוג גרפי של גנום החיסון המכונה "מזימה של קרקס" (המשמש בדרך כלל לייצוג של גנום המופיע ברצף מחדש), לצד אחר המייצג גנום ברצף מחדש החל מ- DNA המופק מהדם של אדם בריא - גנום "רגיל":

corvelva mrc5 1


משמעות המעגלים המרוכזים השונים

corvelva mrc5 2

7) הטבעת המרכזית ביותר מייצגת את ההיקף של SV (גרסאות מבניות) באזורים האקזוניים והשחבוריים. בין (כתום, טרנסלוקציות), INS (ירוק, הכנסות), DEL (מחיקות, אפור), DUP (כפילויות, ורוד) ו- INV (היפוכים, כחול).

6) הטבעת השישית מייצגת את ההסכמה של CNV (וריאנטים במספר עותקים). אדום פירושו להשיג חתיכות DNA וירוק פירושו אובדן.

5) הטבעת החמישית מייצגת את החלק של ה- SNP בהומוזיגוזיות (כתום) ובהטרוזיגוזיות (אפור) בסגנון היסטוגרמה.

4) הטבעת הרביעית (ירוקה) מייצגת את ה- snp בצפיפות בסגנון "גרף פיזור".

3) הטבעת השלישית (שחורה) מייצגת את צפיפות ה- INDELs בסגנון "גרף פיזור".

2) הטבעת השנייה (כחולה) מייצגת את הכיסוי של קריאות בסגנון היסטוגרמה.

1) המעגל החיצוני (המעגל הראשון) הוא מספר הכרומוזום.

ניתן לבצע השוואה גסה גם בין DNA עוברי לבין DNA תאי HeLa, קו התאים המונצחים המשמש גם בייצור החיסון נגד פוליו.

corvelva mrc5 3

יודגש כי הטרנסלוקציות של תאי הלה המיוצגים בעלילת הקרקס על ידי קווי הגרעין מתייחסים לגנום כולו (לפיכך החלק המקודד והלא מקודד), כאשר במקרה של תאי חיסון עוברים הם מתייחסים רק לגנים מקודדים.

אתה לא צריך להיות מדען כדי להבין מהקרקסים, פשוט במבט חטוף, שגנום החיסון אינו גנום שניתן להגדיר אותו כ"נורמלי ". הקווים הכתומים השזורים במרכז הקרקסים, לא רבים כל כך בטבעת המתאימה של הגנום "הרגיל", כבר גורמים לנו לנחש את האנומליה של הגנום הזה.


מסקנות

ה- DNA הגנומי האנושי הכלול בחיסון המון פרוריקס. n. נראה כי A71CB256A הוא אנומלי, ומציג חוסר עקביות חשובה ביחס לגנום אנושי טיפוסי, כלומר זה של אדם בריא. ישנן מספר רב של גרסאות לא ידועות (שלא צוינו במאגרי מידע ציבוריים) וכמה מהם נמצאים בגנים המעורבים בסרטן. מה שכנראה גם אנומלי הוא הגנום העודף שמראה שינויים במספר העותקים (CNV) ובגרסאות מבניות (SV), כגון טרנסלוקציות, הכנסות, מחיקות, כפילויות והיפוכים, שרבים מהם כוללים גנים.

לא ידוע מה תרומתם הפוטנציאלית של הגרסאות הרבות (שלא קיימות בספרות המדעית ובמאגרי מידע ציבוריים) לפנוטיפ של התאים המשמשים לצמיחת נגיפי חיסונים.


בתוך קובץ ה- PDF תמצאו את כל התובנות שקשורות גם להשלכות על הבריאות והתכתבות עם ה- EMA.


הורדה: CORVELVA-רי-הגנום רצף אנושי-Priorix-Tetra.pdf