וירוסים ואדמת הרפתקניות במסלולי ה- Priorix Tetra A71CB256A

בשלב הסקר להערכת זיהום וזיהום של חיסון פריוטריקס טטרו, עלו סוגיות קריטיות שונות: הראשונה נוגעת לאי גילוי נגיף האדמת ברמת הרצף המשמשת; מכיוון שתוצאה זו פקפקה בשגיאה בהליך בו נעשה שימוש, רמת הרצף הוגדלה במידה ניכרת עד שהגיעה לעומק גבוה מאוד (260 מיליון רצפים שהופקו). באופן זה, נגיף האודלה התגלה ב- 114 עותקים, שווה ל- 0.00004% מכלל הרצפים ובאמצעות קריאה ידנית של הרצפים ניתן היה לחסל כל מקור לטעות של התוכנה בה נעשה שימוש ולאשר באופן סופי את הימצאותה של אדמת בתוך המדגם.

עם זאת, נוהל זה איפשר גם לזהות וירוסים הרפתקנים שנמצאים במספר העותקים הנמוך, ומה שנראה הוא שמספר הנגיפים הרפתקניים עלה על מספרם של מספר העותקים של אדמת. ואז התגלו שתי שאלות חשובות מאוד אחרות שנפתרו:

1. האם האדמת נמצאת בחיסון בכמות מספקת כדי לייצר השפעה אימונוגנית או שמא יכולה להיחשב תת-סף (כלומר כזיהום הרפתקני)?
2. האם וירוסים הרפתקנים באמת קיימים? אם כן, האם הם יכולים להיות מסוכנים?

לגבי נקודה 1) אנו יכולים להטיל ספק ביכולתו של נגיף האדמת המנוכחת לפעול כנוגדן אנטיגן בגלל המספר הזניח של העותקים וההנחתה המחלישה את יעילותו, ולכן אנו יכולים לשקול אותו מכל הבחינות כמזהם תת-סף.

לגבי נקודה 2) רשימת הווירוסים ההרפתקניים שהתגלתה על ידי סינון בהשוואה לרצפים שהופקדו במאגרי מידע רשמיים הכילה מספר ניכר של וירוסים שזיהוים יכול היה להיות משויך בטעות על ידי התוכנה שמסווגת אותם, בדיוק בגלל מידת חוסר הוודאות שקשור לנמוך מאוד מספר עותקים. כדי לאשר את נוכחותם, היה צורך לבדוק אותם בזה אחר זה באופן ידני באמצעות תוכנה אחרת (BLAST) וכך ניתן היה לאשר את הימצאותם של וירוסים אחרים שזוהמו:

וירוסים אלו ידועים כמזהמים מקרינים של חיסונים והידוע מפגעם הפוטנציאלי, וזו הסיבה שיצרנים נדרשים לאמת את היעדרם המלא בחיסון.

מכאן שמנתח מעמיק זה בחיסון זה אושרות שתי אי התאמות ביעילות ובטיחות:

• נוכחות במספר עותקים נמוך מאוד (תת-סף) של אדמת
• נוכחות של וירוסים הרפתקנים שעלולים להיות מסוכנים

באשר לאישור עקבות הגנום האחרים שנמצאו בנתוני ה- RNA-seq כגון 'נגיפים חיידקיים וסביבתיים לא מסווגים' הכוללים רצפי פאגים, 'נגיף ה- dsRNA' ו'נגיפי RNA לא מסווגים ShiM-2016 'הכוללים מעט גנומים נגיפיים ידועים. נדרש ניתוח מעמיק נוסף ידני כדי להדגים את ההקצאה הנכונה והנוכחות היעילה. קיומו של נגיף הפטיטיס B לא אושר על ידי ניתוח ה- BLAST.

להלן טבלה המסכמת את מה שמתואר בטקסט:

* אושר ידנית עם תוכנת BLAST

הורדה: CORVELVA-תובנות-נוכחות-אדמת-ו-וירוסים-adventitious-Priorix-Tetra.pdf