Italian Italiano

Szczepionka: MRC-5 zawarta w Priorix Tetra - Kompletne sekwencjonowanie genomu

Szczepionka: MRC-5 zawarta w Priorix Tetra - Kompletne sekwencjonowanie genomu

Te najnowsze analizy były możliwe dzięki aktywnemu wkładowi francuskich stowarzyszeń Stowarzyszenie Liberté Informations Santé (ALIS) Ligue nationale pour la liberté des Vaccinations (LNPLV) i Stowarzyszenie Australijskie Australijska Sieć Ryzyka Szczepień (AVN), za które dziękujemy.


Sekwencjonowanie nowej generacji stało się preferowanym narzędziem do pogłębionych analiz w dziedzinie biologii i nauk medycznych, zwłaszcza tych o wysokiej precyzji. Dzięki tym narzędziom możemy podejść w bardziej nowoczesny i wszechstronny sposób do szeregu zastosowań, takich jak sekwencjonowanie de novo, badania metagenomiczne i epigenomiczne, sekwencjonowanie transkryptomu i ponowne sekwencjonowanie genomu.

Ten ostatni (ponowne sekwencjonowanie) jest szeroko stosowany w dziedzinie ludzkiej, zarówno do celów badawczych, jak i diagnostycznych i składa się z NGS - sekwencjonowania następnej generacji całego pojedynczego genomu, aby zmapować mutacje pojedynczego nukleotydu (SNP), insercje i delecje więcej lub krótsze sekwencje, które wystąpiły w określonych lokalizacjach genomu oraz zmiany w liczbie kopii części genomu / genów (CNV, warianty liczby kopii). 

Ta procedura pomaga zrozumieć mechanizm rozwoju niektórych patologii, aby zidentyfikować kierunki przyszłego leczenia klinicznego, na przykład w przypadku raka. Rzeczywiście, dzięki tej metodzie dziedzictwo genetyczne pacjenta z rakiem może być w pełni odkodowane zarówno w normalnej, jak i nowotworowej tkance, co pozwala nam zrozumieć, co dokładnie zmieniło się w genomie i, jeśli to możliwe, jak interweniować za pomocą ukierunkowanych środków.

Procedura ponownego sekwencjonowania wymaga mechanicznego rozbicia DNA osobnika na fragmenty o małych wymiarach (400-500 par zasad) i przywiązania do tych fragmentów sztucznych części DNA zwanych adapterami; adaptery umożliwiają przywiązanie fragmentów ludzkiego DNA do szklanej powierzchni, na której wykonywany jest odczyt baz (A, C, G, T). Odczyt par zasad DNA odbywa się za pomocą reakcji chemicznych, a mianowicie inkorporacji nukleotydów, które zostały oznaczone przez cząsteczki fluorescencyjne. Otrzymanych w ten sposób milion sekwencji (odczytów) jest następnie mapowanych na ludzkim genomie referencyjnym za pomocą specjalnego oprogramowania i identyfikuje się wszystkie warianty, porównując analizowany genom z genomem referencyjnym.

Ta sama procedura została przeprowadzona na ludzkim genomie w Priorix® Tetra seria nr. A71CB256A, genom należący do linii komórkowej MRC-5 (pochodzenia płodowego); prace zostały przeprowadzone przez firmę w USA, która rutynowo zajmuje się analizą ponownego sekwencjonowania genomu ludzkiego. *

* nazwa laboratorium, które wykonało analizę, zostanie uwzględniona w następnej formalnej skardze, którą złożymy do Prokuratury w Rzymie, a także do włoskich i europejskich organów regulacyjnych. Również stowarzyszenia, które składają analizę finansowaną przez Corvelvę, będą na bieżąco informowane o tych szokujących wynikach. Nie możemy zaprzeczyć, że czujemy się, zwłaszcza jako rodzice, zmartwieni tymi wynikami, które opisujemy - tak jakby to, czego dowiedzieliśmy się do tej pory, nie wystarczyło do zmartwienia.


wyniki

Stwierdzono, że ludzki genom referencyjny odpowiada 99.76% odczytów z DNA szczepionki, co oznacza prawie w całości. Ludzkie DNA płodu przedstawione w tej szczepionce jest pojedynczym genomem, co oznacza, że ​​szczepionka zawiera genomowe DNA ze wszystkimi chromosomami osobnika męskiego (w rzeczywistości MRC-5 pochodzi od płodu męskiego).

Poniżej podano wyniki analizy różnych rodzajów wariantów w porównaniu z referencyjnym genomem ludzkim.


Wariant pojedynczego nukleotydu (SNP - polimorfizm pojedynczego nukleotydu) i krótkie insercje / delecje (InDels)

Warianty pojedynczych zasad DNA (SNP) to polimorfizmy, co oznacza mutacje w materiale genetycznym pojedynczego nukleotydu. 

„InDels” są natomiast małymi insercjami i delecjami o długości mniejszej niż 50 pz i stanowią inną klasę wariantów genomowych w ludzkim genomie.

W ludzkim genomie szczepionki zidentyfikowano 3.6 miliona SNP (z których 98.31% jest już zgłoszonych w publicznej bazie danych dbSNP i 61.805 804.000 nowych, czyli oryginalnych w tym DNA) i około 89.42 85.106 InDels (z czego XNUMX% zgłoszono już w dbSNP i XNUMX nowy). 

Ilość SNP jest zgodna z tym, co opisano w literaturze na temat "typowego ludzkiego genomu", podczas gdy InDels daje wyższą ilość w porównaniu z tym, co zostało zgłoszone przez "The 1000 Genomes Project Consortium", a mianowicie 800.000 600.000 w porównaniu do XNUMX XNUMX .


CNV (warianty numerów kopii) i SV (warianty strukturalne)

Warianty liczby kopii (CNV) są wariantami genomowymi z powodu zmian liczby kopii stosunkowo dużych fragmentów (dłuższych niż 50 pz) między poszczególnymi genomami. Istnieją dwa rodzaje CNV: typ „zysk” (wzrost liczby kopii) i typ „utrata” (utrata kopii). 218 CNV wykryto w ludzkim genomie szczepień, z czego 82 to „wzmocnienie” (obejmujące część genomu około 6.9 miliona par zasad) i 136 CNV typu „utrata” (obejmujące część genomu około 70 milion zasad).

Jak opisano w Konsorcjum Projektu 1000 Genomes w „Globalnym źródle ludzkiej zmienności genetycznej (Nature, vol. 526, 10 października 2015)” typowy ludzki genom zawiera od 2,100 do 2,500 dużych wariantów, w tym:

  • 1,000 dużych usunięć
  • 160 wariantów w liczbie kopii (CNV)
  • 10 inwersji

Które razem wpływają na 20 milionów zasad sekwencji, również biorąc pod uwagę insercje.

Jak widać w przypadku krótkich INDEL, nawet w przypadku dużych insercji i delecji genom szczepionkowy nie jest zatem zgodny z „normalnym” ludzkim genomem, ponieważ jest znacznie bardziej „przestawiony” niż genom zwykłej osoby.


Kołowe widzenie genomu (wykres cyrkowy)

Graficzna reprezentacja genomu szczepionki zwanego „polem okrężnym” (powszechnie stosowanym do przedstawienia genomu zsekwencjonowanego), jest pokazana poniżej, obok innego reprezentującego genom ponownie sekwencjonowany z DNA pobranego z krwi zdrowego osobnika - „normalny” genom :

Corvelva mrc5 4


Znaczenie koncentrycznych kół

Corvelva mrc5 2

7) Najbardziej centralny pierścień reprezentuje wnioskowanie SV (warianty strukturalne) w obszarach eksonów i splicingu. TRA (pomarańczowy, translokacje), INS (zielony, wstawki), DEL (usunięcia, szary), DUP (duplikacje, różowy) i INV (inwersje, niebieski).

6) szósty okrąg reprezentuje wnioskowanie CNV (warianty numerów kopii). Kolor czerwony oznacza wzrost sekwencji DNA, a kolor zielony oznacza utratę.

5) Piąty pierścień reprezentuje udział SNP w homozygotyczności (pomarańczowy) i heterozygotyczności (szary) w układzie histogramu.

4) Czwarty pierścień (zielony) reprezentuje gęstość SNP w układzie wykresu rozrzutu.

3) Trzeci pierścień (czarny) reprezentuje gęstość INDELI w układzie wykresu rozrzutu.

2) Drugi pierścień (jasnoniebieski) reprezentuje pokrycie odczytów w układzie histogramu.

1) Zewnętrzne koło (pierwsze koło) jest liczbą chromosomów.   

Można również dokonać przybliżonego porównania między DNA płodowym a DNA komórek HeLa, unieśmiertelnionej linii komórkowej stosowanej również do produkcji szczepionki przeciw polio.

Corvelva mrc5 5

Należy pamiętać, że translokacje komórek HeLa reprezentowane na wykresie woskowym przez linie jądra są odnoszone do całego genomu (stąd część kodująca i niekodująca), podczas gdy w przypadku komórek szczepionych płodowo odnoszą się tylko do genów kodujących , 

Nie ma potrzeby być naukowcem, aby po prostu na pierwszy rzut oka zrozumieć, że genom szczepionki nie jest genomem, który można określić jako „normalny”. Pomarańczowe linie przeplatające się w środku circus, nie tak liczne w odpowiednim pierścieniu „normalnego” genomu, już teraz mają sens dla anomalii tego genomu.


Analiza wariantów genów raka

Analiza wariantów SNP, InDels, CNV, SV wybranych 560 genów, ponieważ biorą one udział w różnych formach ludzkiego raka, wykazuje obecność wielu „oryginalnych” wariantów, to znaczy, że nie są one nawet obecne w publicznych bazach danych, dlatego są nieznane w literaturze. Innymi słowy, zidentyfikowano ważne modyfikacje genów, o których wiadomo, że są powiązane z różnymi postaciami nowotworów, dla wszystkich 560 zweryfikowanych genów; ponadto istnieją warianty, których konsekwencje nie są znane, ale które jednak wpływają na geny zaangażowane w indukcję ludzkiego raka.


Wnioski

Ludzki genomowy DNA zawarty w szczepionce z serii Priorix. N. A71CB256A jest ewidentnie anomalny, wykazując istotne niespójności w porównaniu z typowym genomem ludzkim, tj. Genomem zdrowego człowieka. Istnieje kilka nieznanych wariantów (nie odnotowanych w publicznych bazach danych), a niektóre z nich znajdują się w genach zaangażowanych w raka. Pozornie anomalny jest również nadmiar genomu, który wykazuje zmiany w liczbie kopii (CNV) i wariantach strukturalnych (SV), takich jak translokacje, insercje, delecje, duplikacje i inwersje, z których wiele obejmuje geny.

Potencjalny udział licznych wariantów (nieobecnych w literaturze naukowej i w publicznych bazach danych) w fenotypie komórek wykorzystywanych do wzrostu wirusów szczepionkowych nie jest znany.


W pliku PDF znajdziesz wszystkie spostrzeżenia związane z implikacjami dla powitania i korespondencji z EMA.


 Download: CORVELVA MRC-5 zawarte w Priorix-tetra-Kompletny genom sekwencjonowania

Obraz

Iscriviti alla Biuletyn

Pamiętaj, aby potwierdzić subskrypcję za pomocą linku, który znajdziesz w wysłanych przez nas e-mailach

Polityka Prywatności
0
Akcje

Są zainteresowani?

Śledź nas również na naszych kanałach społecznościowych ...

0
Akcje