Вирусы приключений и краснухи в серии Priorix Tetra A71CB256A

Вирусы приключений и краснухи в серии Priorix Tetra A71CB256A

На этапе скрининга для оценки загрязнений и примесей вакцины Priorix Tetra возникло несколько критических проблем: во-первых, это не обнаружение вируса краснухи с использованным уровнем секвенирования; так как этот результат вызвал сомнение в том, что это может быть ошибкой для используемой процедуры, уровень секвенирования был значительно увеличен для достижения очень большой глубины (произведено 260 миллионов последовательностей). Таким образом, вирус краснухи был обнаружен в 114 копиях, что составляет 0.00004% от общего числа последовательностей, и ручное считывание последовательностей позволило устранить любой источник ошибок в используемом программном обеспечении и окончательно подтвердить наличие краснухи в образце.

Однако эта процедура также позволила идентифицировать случайные вирусы, присутствующие в небольшом количестве копий, и мы видели, что количество копий случайных вирусов превышало количество копий краснухи. Таким образом, возникли еще две очень важные нерешенные проблемы:

  1. Достаточно ли краснухи в вакцине для получения иммуногенного эффекта или ее можно рассматривать как подпороговую (т.е. как случайное заражение)?
  2. Действительно ли присутствуют случайные вирусы? Если так, могут ли они быть опасными?

Что касается пункта 1) мы можем поставить под сомнение способность аттенуированного вируса краснухи действовать в качестве иммуногенного антигена из-за незначительного количества копий и ослабления, которое еще больше ослабляет его эффективность, поэтому мы можем считать его во всех отношениях подпороговым загрязнителем

Что касается пункта 2) список случайных вирусов, обнаруженных путем скрининга, выявил большое количество вирусов после сравнения с последовательностями, депонированными в официальных базах данных, идентификация которых могла быть ошибочно отнесена программным обеспечением, которое их классифицировало, из-за неопределенности, связанной с очень низким числом копий. Для подтверждения их присутствия с помощью другого программного обеспечения (BLAST) потребовалась пошаговая проверка вручную, и, таким образом, можно было подтвердить наличие следующих контаминирующих ретровирусов:

Эндогенный человеческий ретровирус К            

32 последовательности

Вирус инфекционной анемии лошадей

2 последовательности

Вирус птичьего лейкоза

2 последовательности

HERV-Н / env62

4 последовательности

Известно, что эти вирусы являются случайными контаминантами вакцин, и их потенциальная опасность также известна, поэтому производители обязаны проверять их полное отсутствие в вакцине.

Из этого углубленного анализа этой вакцины следует, что два несоответствия по эффективности и безопасности подтверждены:

  • Наличие в очень небольшом количестве копий (подпороговых) краснухи
  • Наличие потенциально опасных случайных вирусов

Что касается подтверждения следов других геномов, обнаруженных в данных RNA-seq, таких как «неклассифицированные бактериальные вирусы и вирусы окружающей среды», включая последовательности фагов, «вирус dsRNA» и «неклассифицированные вирусы РНК ShiM-2016», которые включают малоизвестные вирусные геномы, то Необходим дополнительный углубленный анализ, чтобы продемонстрировать правильное назначение и эффективное присутствие. Наличие вируса гепатита В НЕ было подтверждено анализом BLAST.

Ниже приведена таблица, которая суммирует то, что описано в тексте:

CORVELVA Взгляд на наличие краснухи и случайных вирусов Priorix Tetra 01
CORVELVA Взгляд на наличие краснухи и случайных вирусов Priorix Tetra 02
CORVELVA Взгляд на наличие краснухи и случайных вирусов Priorix Tetra 03

* Подтверждено вручную программным обеспечением BLAST


Скачать: CORVELVA-Последовательности анализа вируса и вируса краснухи-Priorix-Tetra.pdf


Перевод команды CLiVa - www.clivatoscana.com