Вирусы приключений и краснухи в серии Priorix Tetra A71CB256A

На этапе скрининга для оценки загрязнений и примесей вакцины Priorix Tetra возникли различные критические проблемы: первая касалась отсутствия обнаружения вируса краснухи с использованным уровнем секвенирования; поскольку этот результат вызывал сомнение в том, что это была ошибка в используемой процедуре, уровень секвенирования значительно увеличивался до достижения очень большой глубины (было произведено 260 миллионов последовательностей). Таким образом, вирус краснухи был обнаружен в 114 копиях, что составляет 0.00004% от общего количества последовательностей, и благодаря ручному считыванию последовательностей удалось устранить любой источник ошибки используемого программного обеспечения и окончательно подтвердить наличие краснухи в образец.

Однако эта процедура также позволила идентифицировать случайные вирусы, присутствующие в небольшом количестве копий, и было замечено, что число случайных вирусов превысило количество копий краснухи. Затем возникли два других очень важных вопроса:

1. Содержится ли в вакцине краснуха в достаточном количестве, чтобы вызвать иммуногенный эффект, или ее можно считать подпороговой (то есть как случайное загрязнение)?
2. Присутствуют ли авантюрные вирусы? Если так, могут ли они быть опасными?

По поводу пункта 1) мы можем поставить под сомнение способность аттенуированного вируса краснухи действовать в качестве иммуногенного антигена из-за незначительного количества копий и ослабления, что еще больше ослабляет его эффективность, поэтому мы можем рассматривать его во всех отношениях как подпороговый контаминант

По поводу пункта 2) список случайных вирусов, обнаруженных путем скрининга путем сравнения с последовательностями, помещенными в официальные базы данных, содержал значительное количество вирусов, идентификация которых могла быть ошибочно отнесена программным обеспечением, которое их классифицировало, именно из-за степени неопределенности, связанной с очень низкой количество копий. Чтобы подтвердить их наличие, необходимо было проверить их по одному вручную, используя другое программное обеспечение (BLAST), и таким образом можно было подтвердить наличие следующих загрязняющих ретровирусов:

Известно, что эти вирусы являются случайными загрязнителями вакцин, и их потенциальная опасность известна, поэтому производители обязаны проверять их полное отсутствие в вакцине.

Из этого глубокого анализа в этой вакцине следует два несоответствия по эффективности и безопасности:

• Наличие в очень небольшом количестве копий (подпороговых) краснухи
• Наличие потенциально опасных случайных вирусов

Что касается подтверждения следов других геномов, обнаруженных в данных RNA-seq, таких как «неклассифицированные бактериальные вирусы и вирусы окружающей среды», которые включают фаговые последовательности, «вирус дцРНК» и «неклассифицированные вирусы РНК ShiM-2016», которые включают малоизвестные вирусные геномы, то это требуется дальнейший подробный ручной анализ, чтобы продемонстрировать правильность назначения и эффективное присутствие. Присутствие вируса гепатита B НЕ подтверждено анализом BLAST.

Ниже приведена таблица, обобщающая то, что описано в тексте:

* Подтверждено вручную с помощью программного обеспечения BLAST

Скачать: CORVELVA-Insights-присутствие-краснуха-и-вирусы-придаточный-Приорикс-Tetra.pdf