Cepivo: Celotno sekvenciranje genoma MRC-5, ki ga vsebuje Priorix Tetra

Te zadnje analize so bile mogoče zaradi aktivnega prispevka francoskih združenj Združenje Liberté Informacije Santé (ALIS), Navodilo za cepljenje je na voljo za cepljenje (LNPLV) in avstralsko združenje Avstralska mreža tveganj za cepljenje (AVN) da se zahvaljujemo.

Sekvenerji nove generacije so postali izbirni instrumenti za poglobljene analize na področju biologije in medicine, še posebej natančne. Ta orodja omogočajo nov in bolj globalen pristop k vrsti aplikacij, kot so novo zaporedje, študije metagenomije, epigenomika, zaporedja transkriptov in ponovno zaporedje genomov.

Slednja aplikacija (ponovno zaporedje) je na človeškem področju zelo razširjena tako v raziskovalne kot diagnostične namene in je sestavljena v sekvenciranju s tehnologijo NGS (Next Generation Sequencing) celotnega posameznega genoma z namenom preslikave posameznih nukleotidnih mutacij (SNP, izgovorjava 'snip'), so se na določenih položajih genoma pojavile vstavitve in izbrisi bolj ali manj dolgih zaporedij in razlike v številu kopij delov genoma / genov (CNV, različice kopijskih številk). 

Ta postopek je koristen za razumevanje mehanizmov razvoja nekaterih patologij, da bi opredelili navodila za prihodnje klinično zdravljenje, na primer v primeru raka. S to metodo je v resnici mogoče genetsko dediščino bolnika z rakom popolnoma dekodirati v normalnem in tumorskem tkivu, kar omogoča razumevanje, kaj se je spremenilo v genomu in, če je mogoče, posredovanje s ciljanimi protokoli.

Postopek ponovnega zaporedja zahteva, da se posameznikova DNK mehansko razbije na majhne fragmente (400–500 baznih parov) in da so fragmenti vezani na umetne trakte DNK, imenovane adapterji, ki omogočajo, da se fragmenti vežejo Človeški DNK na stekleno površino, na kateri se nato odčitajo baze (A, C, G, T). Baze DNK beremo z vključitvijo kemijskih reakcij nukleotidov, označenih s fluorescenčnimi molekulami. Milijoni sekvenc (odčitkov), pridobljenih s sekvenciranjem na stekleni površini, se nato preskusijo na človeškem referenčnem genomu z ustrezno programsko opremo in zato so glede na referenco identificirane vse različice, ki so prisotne v analiziranem genomu. 

Ta isti postopek je bil izveden na človeškem genomu, ki je prisoten na seriji Priorix Tetra. n. A71CB256A, genom, ki pripada MRC-5 celični liniji (fetalnega izvora); delo je potekalo v podjetju s sedežem v ZDA, ki se rutinsko ukvarja z analizo človeških genomov s ponovnim zaporedjem. *

* Ime laboratorija, ki je opravil to analizo, bo vključeno v naslednjo izjavo, ki jo bomo deponirali pri državnem tožilstvu v Rimu, pa tudi pri italijanskih in evropskih nadzornih organih. Realnosti, ki hranijo rezultate analiz, ki jih financira Corvelva, bodo prav tako takoj posodobljene s temi zmedenimi rezultati. Ne zanikamo, da nas kot starše najprej motijo ​​rezultati, o katerih poročamo spodaj - če to, kar smo odkrili doslej, ni bilo dovolj.

Rezultati

Ugotovljeno je bilo, da je človeški referenčni genom zajet za odčitke, pridobljene iz DNA cepiva, za 99.76%, torej za skoraj vso njegovo celoto. Fetalna človeška DNK, zastopana v tem cepivu, je torej popoln individualni genom ali je prisoten v cepivu genomskega DNK vseh kromosomov moškega posameznika (in v resnici je plod, iz katerega izvira celična linija MRC-5, moški).

Spodaj so rezultati analize različnih vrst variant glede na človeški referenčni genom.

Različice posameznih nukleotidov (SNP) in kratke vstavke / delecije (InDels)

Različice posameznih baz DNK (SNP, izgovorjeno "snip") so polimorfizmi, torej različice genskega materiala, ki jih nosi en sam nukleotid. Po drugi strani so "InDels" majhni vstavki in izbrisi dolžine manj kot 50 pb in predstavljajo drug razred genomskih različic v človeškem genomu.

V genomu cepiva je bilo ugotovljenih približno 3.6 milijona SNP (od tega 98.31% že poročanih v javni bazi podatkov dbSNP in 61.805 804 novih ali izvirnika te DNK) in približno 89.42 tisoč InDellov (od tega že 85.106% poročali v dbSNP in XNUMX novih). 

Količina SNP je v skladu s tistimi, ki jih v literaturi poroča "tipičen človeški genom", medtem ko so indeksi v večji količini, kot jih poroča "Konzorcij za projekt 1000 genomov", ali 800 tisoč v primerjavi s 600 tisoč.

CNV (različice številk za kopiranje) in SV (strukturne različice)

Različice različic kopij (CNV) so genske različice zaradi razlik v številu kopij relativno velikih fragmentov (daljših od 50 bp) med posameznimi genomi. Obstajata dve vrsti CNV: vrsta "pridobitev" (pridobitev kopij) in vrsta "izguba" (izguba kopij). V genomu cepiva pri človeku je bilo odkritih 218 CNV-jev, od katerih je 82 tipa "pridobivajo" (pokrivajo del genoma, ki je enak približno 6.9 milijona baznih parov) in 136 izgubljenih CNV-jev (ki pokrivajo del genoma približno 70 milijonov podpor).

Kot je opisal Konzorcij za projekt 1000 genomov v "Globalni referenci za človeško genetsko variacijo (Nature, vol. 526, 10. oktober 2015)", tipični človeški genom vsebuje od 2.100 do 2.500 velikih različic, vključno z:

• 1.000 velikih izbrisov
• 160 različic v številu izvodov (CNV)
• 10 inverzij

ki vplivajo na celoto, če upoštevamo tudi vstavke, na 20 milijonov baz zaporedja.

Kot opažamo pri kratkih indeksih INDEL, tudi če gre za velike vstavitve in izbrise, genom cepiva torej ni v skladu s 'običajnim' človeškim genomom, saj je veliko bolj "preurejen" kot genom običajnega posameznika.

Krožna vizualizacija genoma (cirkonski zaplet)

Spodaj je prikazan grafični prikaz genoma cepiva, imenovanega "cirkozna ploskev" (ki se običajno uporablja za predstavljanje genoma, ki se ponovno sekvencira), poleg drugega, ki predstavlja gensko sekvenco, ki izhaja iz DNK, odvzetega iz krvi zdravega posameznika - "normalni" genom:

Pomen različnih koncentričnih krogov

7) Najbolj osrednji obroč predstavlja sklepanje SV (strukturne variante) v eksoničnih in spajkalnih območjih. MED MED (oranžna, translokacije), INS (zelena, vstavki), DEL (brisanje, siva), DUP (podvajanja, roza) in INV (inverzije, modra).

6) Šesti obroč predstavlja sklepanje CNV (Različice v številu izvodov). Rdeča pomeni pridobivanje kosov DNK, zelena pa izgubo.

5) Peti obroč predstavlja razmerje homozigosti (oranžna) in heterozigosti (siva) v slogu histograma.

4) Četrti obroč (zelen) predstavlja gostoto snp v "disperzijskem grafu".

3) Tretji obroč (črn) predstavlja gostoto INDEL-jev v "disperzijskem grafu".

2) Drugi obroč (modra) predstavlja pokritost odčitkov v slogu histograma.

1) Zunanji krog (prvi krog) je število kromosomov.     

V grobem lahko primerjamo tudi fetalno DNK in celično DNK HeLa, ovekovečeno celično linijo, ki se uporablja tudi pri proizvodnji cepiva proti polio.

Poudariti je treba, da se translokacije celic HeLa, ki so v krožnem krogu predstavljene z nukleusnimi črtami, nanašajo na celoten genom (torej kodirajoč in nekodirajoči del), medtem ko se pri celicah ploda cepiva nanašajo samo na kodirajoče gene.

Ni nujno, da ste znanstvenik, da bi s cirkoza zgolj na hitro razumeli, da genom cepiva ni genom, ki bi ga lahko opredelili kot "normalnega". Oranžne črte, prepletene v središču cirkosa, ki jih v ustreznem obroču "normalnega" genoma ni tako veliko, že same po sebi kažejo na anomalijo tega genoma.

sklepi 

Človeška genomska DNK, vsebovana v cepivu serije Prorix. n. A71CB256A je očitno anomalen, saj predstavlja pomembne nedoslednosti glede tipičnega človeškega genoma, torej zdravega posameznika. Obstaja veliko neznanih različic (ki jih v javnih bazah ni zaznati), več pa jih je v genih, ki sodelujejo pri raku. Očitno anomalen je tudi presežek genoma, ki kaže spremembe števila kopij (CNV) in strukturnih različic (SV), kot so premestitve, vstavki, izbrisi, podvajanja in inverzije, od katerih so mnoge vključene v gene.

Potencialni prispevek številnih različic (ki jih v znanstveni literaturi in javnih bazah podatkov ni) k fenotipu celic, ki se uporabljajo za rast virusov cepiv, ni znan.

Znotraj dokumenta PDF boste našli vsa spoznanja, povezana s posledicami za zdravje in dopisovanje z EMA.

 Prenos: CORVELVA-Ri-genom-zaporedja človeka-Priorix-Tetra.pdf