Dovoljeni virusi in rdečke v seriji Priorix Tetra A71CB256A

Med fazo presejanja za oceno onesnaženja in nečistoč cepiva Priorix Tetra so se pojavila različna kritična vprašanja: prvo se je nanašalo na ne odkrivanje virusa rdečk z uporabljeno stopnjo zaporedja; ker je ta rezultat dvomil, da gre za napako v uporabljenem postopku, se je raven zaporedja znatno povečala, dokler ni dosegla zelo velike globine (260 milijonov zaporedja je bilo ustvarjenih). Na ta način smo odkrili virus rdečk v 114 kopijah, kar je 0.00004% celotne sekvence in z ročnim branjem zaporedij je bilo mogoče odpraviti kateri koli vir napak uporabljene programske opreme in dokončno potrditi prisotnost rdečk v vzorec.

Vendar pa je ta postopek omogočil tudi identifikacijo naključnih virusov, ki so prisotni v majhnem številu kopij, in opaženo je, da je število naključnih virusov preseglo število kopij rdečk. Potem sta se pojavili še dve zelo pomembni vprašanji:

1. Ali je rdečka prisotna v cepivu v zadostni količini, da povzroči imunogen učinek ali se lahko šteje za podprag (to je kot naključno onesnaženje)?
2. Ali so adventni virusi resnično prisotni? Če je tako, ali so lahko nevarne?

Glede točke 1) lahko dvomimo v sposobnost atenuiranega virusa rdečk, da deluje kot imunogen antigen zaradi zanemarljivega števila kopij in oslabitve, ki še poslabša njegovo učinkovitost, zato ga lahko v vseh pogledih upoštevamo kot pod-prag onesnaževalca

Glede točke 2) seznam naključnih virusov, odkritih s presejanjem s primerjavo z zaporedji, odloženimi v uradnih bazah podatkov, je vseboval veliko število virusov, katerih identifikacijo bi lahko napačno pripisala programska oprema, ki jih je razvrstila, ravno zaradi stopnje negotovosti, povezane z zelo nizko število izvodov. Za potrditev njihove prisotnosti jih je bilo treba ročno preveriti z drugo programsko opremo (BLAST) in tako je bilo mogoče potrditi prisotnost naslednjih onesnažujočih retrovirusov:

Znano je, da so ti virusi naključni onesnaževalci cepiv, njihova potencialna nevarnost pa je znana, zato morajo proizvajalci preveriti popolno odsotnost cepiva.

Iz tega izhaja iz poglobljene analize tega cepiva potrjeni dve neskladnosti glede učinkovitosti in varnosti:

• Prisotnost rdečk v zelo nizkem številu kopij (podpraga)
• Prisotnost potencialno nevarnih adventnih virusov

Kar zadeva potrditev sledi drugih genov, ki jih najdemo v podatkih RNA-seq, kot so "nerazvrščeni bakterijski in okoljski virusi", ki vključuje fažna zaporedja, "virus dsRNA" in "nerazvrščeni virusi RNA ShiM-2016", ki vključuje malo znane virusne genome, je nadaljnja ročna poglobljena analiza je potrebna, da dokaže pravilno dodelitev in učinkovito prisotnost. Prisotnost virusa hepatitisa B ni bila potrjena z analizo BLAST.

Spodaj je tabela, ki povzema tisto, kar je opisano v besedilu:

* Ročno potrjeno s programsko opremo BLAST

Prenos: CORVELVA-Insights-prisotnost-rdečke-in-virusi-naključna-Priorix-Tetra.pdf