Dovoljeni virusi in rdečk v seriji Priorix Tetra A71CB256A

V fazi presejanja za oceno onesnaženosti in nečistoč cepiva Priorix Tetra se je pojavilo več kritičnih vprašanj: prvo je bilo ne odkrivanje virusa rdečk z uporabljeno stopnjo zaporedja; Ker je ta rezultat vzbudil dvom, da gre lahko za napako pri uporabljenem postopku, se je raven zaporedja znatno zvišala in dosegla zelo veliko globino (260 milijonov zaporedja je bilo ustvarjenih). Virus rdečk je bil torej odkrit v 114 kopijah, kar je 0.00004% celotnih sekvenc, z ročnim branjem sekvenc pa je bilo mogoče odpraviti kateri koli vir napake uporabljene programske opreme in dokončno potrditi prisotnost rdečk v vzorcu.

Vendar je ta postopek omogočil tudi identifikacijo naključnih virusov, ki so prisotni v majhnem številu kopij, in videli smo, da je število kopij naključnih virusov preseglo število kopij rdečk. Tako sta se pojavili še dve zelo pomembni nerešeni vprašanji:

1. Ali je rdečica, ki je prisotna v cepivu, zadostna za imunogeni učinek ali jo lahko štejemo za podprag (tj. Kot naključno onesnaženje)?
2. So naključni virusi resnično prisotni? Če je tako, ali so lahko nevarne?

V zvezi s točko 1) lahko močno dvomimo v sposobnost atenuiranega virusa rdečk, da deluje kot imunogeni antigen zaradi zanemarljivega števila kopij in oslabitve, ki še poslabša njegovo učinkovitost, zato ga lahko upoštevamo v vse namene in namene onesnaževalca

V zvezi s točko 2) seznam naključnih virusov, odkritih s presejanjem, je razkril veliko število virusov po primerjavi z zaporedji, deponiranimi v uradnih zbirkah podatkov, katerih identifikacijo bi lahko napačno pripisala programska oprema, ki jih je razvrstila, zaradi negotovosti, povezane z zelo majhnim številom virusov. kopij. Za potrditev njihove prisotnosti z drugo programsko opremo (BLAST) je bila potrebna ena za drugo ročna verifikacija, zato je bilo mogoče potrditi prisotnost naslednjih onesnažujočih retrovirusov:

Za te viruse je znano, da so naključna onesnaževala cepiva, znana pa je tudi njihova potencialna nevarnost, zato morajo proizvajalci preveriti popolno odsotnost cepiva.

Iz tega poglobljena analiza tega cepiva potrjuje dve neskladnosti glede učinkovitosti in varnosti:

• Prisotnost rdečk v zelo majhnem številu kopij (spodnji prag)
• Prisotnost potencialno nevarnih adventnih virusov

Kar zadeva potrditev sledi drugih genomov, ki jih najdemo v podatkih sekve RNA, kot so "nerazvrščeni bakterijski in okoljski virusi", vključno s fagnimi zaporedji, "virus dsRNA" in "nerazvrščeni virusi RNA ShiM-2016", ki vključuje malo znane virusne genome, potrebna je dodatna poglobljena analiza, da se dokaže pravilna dodelitev in učinkovita prisotnost. Prisotnosti virusa hepatitisa B NISO potrdili z analizo BLAST.

Spodaj je tabela, ki povzema, kaj je opisano v besedilu:

* Ročno potrjena s programsko opremo BLAST

Prenos: CORVELVA-Poglobljena analiza zaporedja virusa rdečk in virusov-Priorix-Tetra.pdf

Prevedla CLiVa ekipa - www.clivatoscana.com