Vaccinegate: MRC-5 الوارد في Priorix Tetra - تسلسل الجينوم الكامل

Vaccinegate: MRC-5 الوارد في Priorix Tetra - تسلسل الجينوم الكامل

تم إجراء هذه التحليلات الأخيرة بفضل المساهمة النشطة للجمعيات الفرنسية رابطة ليبرتي معلومات سانتي (ALIS)، الدوري الوطني لتحرير اللقاحات (LNPLV) والجمعية الأسترالية شبكة مخاطر التطعيم الأسترالية (AVN)، ونحن نشكر.


أصبحت تسلسل الجيل الجديد الأداة المفضلة للتحليل المتعمق في مجال البيولوجيا والعلوم الطبية ، وخاصة تلك الدقيقة. بفضل هذه الأدوات ، يمكننا أن نتعامل بطريقة أكثر حداثة وشمولية مع عدد من التطبيقات مثل تسلسل de novo والدراسات metagenomic و epigenomic وتسلسل transcriptome وإعادة تسلسل الجينوم.

يستخدم هذا الأخير (إعادة التسلسل) على نطاق واسع في المجال البشري ، لأغراض البحث والتشخيص ، ويتألف من NGS - تسلسل الجيل التالي من جينوم واحد كامل ، لرسم خرائط طفرات النوكليوتيدات المفردة (SNP) ، وإدخالات وحذف المزيد أو تسلسلات أقل طولًا حدثت في مواقع معينة من الجينوم ، وتغيرات في عدد نسخ الأجزاء / الجينات الجينية (CNV ، نسخ رقم المتغيرات).

يساعد هذا الإجراء على فهم آلية تطور بعض الأمراض ، من أجل تحديد اتجاهات العلاج السريري في المستقبل كما في حالة السرطان على سبيل المثال. في الواقع ، من خلال هذه الطريقة ، يمكن فك تشفير التراث الجيني لمريض السرطان بشكل كامل في الأنسجة الطبيعية والسرطانية ، مما يسمح لنا بفهم ما الذي تغير بالضبط داخل الجينوم ، وإذا أمكن ، كيفية التدخل في التدابير المستهدفة.

يتطلب إجراء إعادة التسلسل أن يتم تقسيم الحمض النووي للفرد ميكانيكيا إلى أجزاء صغيرة البعد (400-500 أزواج قاعدة) وأجزاء الحمض النووي الاصطناعي المسمى محولات مرتبطة بهذه الشظايا ؛ تتيح المحولات ربط شظايا الحمض النووي البشري بسطح زجاجي يتم على أساسه قراءة القواعد (A ، C ، G ، T). تتم قراءة أزواج قاعدة الحمض النووي عن طريق التفاعلات الكيميائية ، أي دمج النيوكليوتيدات التي تميزت بجزيئات الفلورسنت. يتم بعد ذلك تعيين ملايين المتسلسلات (القراءات) التي تم الحصول عليها على الجينوم المرجعي البشري بواسطة برنامج معين ويتم تحديد جميع المتغيرات بمقارنة الجينوم الذي تم تحليله مع الجينوم المرجعي.

تم تنفيذ نفس الإجراء على الجينوم البشري في Priorix® Tetra lot n. A71CB256A ، الجينوم الذي ينتمي إلى خط الخلية MRC-5 (من أصل الجنين) ؛ تم تنفيذ العمل من قبل شركة في الولايات المتحدة الأمريكية ، والتي تتعامل بشكل روتيني مع تحليل تسلسل الجينوم البشري. *

* سيتم إدراج اسم المختبر الذي أجرى التحليل في الشكوى الرسمية التالية التي سنقدمها إلى النيابة العامة في روما وكذلك في الهيئات التنظيمية الإيطالية والأوروبية. سيتم تحديث الجمعيات التي تقدم التحليل الممول من Corvelva على الفور مع هذه النتائج المروعة أيضًا. لا ننكر أننا نشعر ، خاصة بصفتنا آباء ، بالأسى بسبب هذه النتائج التي نبلغ عنها - كما لو أن ما اكتشفناه حتى الآن لم يكن كافياً للقلق.


النتائج

تم العثور على الجينوم المرجعي البشري الذي يتطابق مع قراءات 99.76 ٪ من الحمض النووي للقاح ، وهو ما يعني تقريبا في مجملها. إن الحمض النووي للجنين البشري الوارد في هذا اللقاح هو جينوم واحد كامل ، مما يعني أن اللقاح يحتوي على الحمض النووي الجينومي مع جميع الكروموسومات للفرد الذكر (في الواقع ينشأ MRC-5 من الجنين الذكر).

فيما يلي نتائج تحليل أنواع مختلفة من المتغيرات بالمقارنة مع الجينوم البشري المرجعي.


متغير النوكليوتيدات المفردة (SNP - تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة) والإدخالات / الحذف القصير (InDels)

المتغيرات ذات القواعد الفردية للحمض النووي (DNA) هي أشكال متعددة ، مما يعني طفرات المواد الوراثية لنكليوتيد واحد.

إن "InDels" عبارة عن إدخالات صغيرة وحذف أقل من 50 نقطة أساس وتشكل فئة مختلفة من المتغيرات الجينومية في الجينوم البشري.

في الجينوم البشري للقاح ، تم تحديد 3.6 مليون SNP (تم الإبلاغ عن 98.31 ٪ منها بالفعل في قاعدة البيانات العامة dbSNP و 61.805 الجديدة ، وهذا يعني الأصلي في هذا الحمض النووي) وحوالي 804.000،89.42 InDels (85.106 ٪ منها ذكرت بالفعل في dbSNP و XNUMX جديد).

تتوافق كمية SNP مع ما تم الإبلاغ عنه في الأدبيات المتعلقة بـ / في "الجينوم البشري النموذجي" ، بينما ينتج InDels كمية أعلى مقارنة بما تم الإبلاغ عنه من قبل "The 1000 Genomes Project Consortium" أي 800.000 مقارنة بـ 600.000،XNUMX .


CNV (نسخ رقم المتغيرات) و SV (المتغيرات الهيكلية)

المتغيرات رقم النسخة (CNVs) هي المتغيرات الجينومية بسبب الاختلافات في عدد نسخ شظايا كبيرة نسبيا (أطول من 50 سنة مضت) بين الجينوم الفردية. هناك نوعان من ملفات CNV: اكتب "ربح" (ربح نسخ) ونوع "ضياع" (ضياع النسخ). تم اكتشاف 218 CNVs في جينوم التطعيم البشري ، منها 82 كانت "مكسب" (تغطي جزءًا من الجينوم حوالي 6.9 مليون زوج أساسي) و 136 CNVs من نوع "الخسارة" (تغطي جزءًا من جينوم حوالي 70 مليون قاعدة).

كما هو موضح من قبل مجموعة مشروع جينوم 1000 في "مرجع عالمي للاختلاف الوراثي البشري (Nature ، المجلد 526 ، 10 أكتوبر 2015)" يحتوي الجينوم البشري النموذجي على 2,100 إلى 2,500 متغير كبير بما في ذلك:

  • 1,000 حذف كبير
  • 160 متغير في عدد النسخ (CNVs)
  • 10 الانقلابات

التي تؤثر معا على قواعد 20 مليون من التسلسل ، والنظر في الإدراج أيضا.

كما هو موضح بالنسبة لـ INDELs القصيرة ، حتى في حالة عمليات الإدراج والحذف الكبيرة ، فإن جينوم اللقاح لا يتماشى مع الجينوم البشري "الطبيعي" ، حيث يتم "إعادة ترتيب" أكثر بكثير من جينوم شخص عادي.


رؤية دائرية للجينوم (مؤامرة السيرك)

يتم عرض تمثيل رسومي لجينوم اللقاح المسمى "مؤامرة السيرك" (يشيع استخدامها لتمثيل جينوم متسلسل) ، إلى جانب ممثل آخر يمثل جينوم أعيد تسلسله من الحمض النووي المستخرج من دم فرد سليم - جين طبيعي "عادي" :

كورفيلفا mrc5 4


معنى الدوائر متحدة المركز

كورفيلفا mrc5 2

7) تمثل الحلقة المركزية أكثر استدلالات SV (المتغيرات الهيكلية) في مناطق exon والربط. TRA (برتقالي ، ترجمة) ، INS (أخضر ، إدراجات) ، DEL (عمليات حذف ، رمادية) ، DUP (مضاعفات ، وردي) و INV (انعكاسات ، أزرق).

6) تمثل الدائرة السادسة استنتاج CNV (المتغيرات رقم النسخ). الأحمر يعني كسب تسلسل الحمض النووي والأخضر يعني الخسارة.

5) تمثل الحلقة الخامسة نسبة SNP في الزيجوت المتجانس (البرتقالي) وغير المتجانسة (الرمادي) في تخطيط الرسم البياني.

4) تمثل الحلقة الرابعة (الخضراء) كثافة SNP في تخطيط المخطط المبعثر.

3) تمثل الحلقة الثالثة (أسود) كثافة INDELs في تخطيط المخطط المبعثر.

2) الحلقة الثانية (أزرق فاتح) تمثل قراءات تغطي في تخطيط الرسم البياني.

1) الدائرة الخارجية (الدائرة الأولى) هي رقم الكروموسوم.

يمكن أيضًا إجراء مقارنة تقريبية بين الحمض النووي للجنين وحمض خلايا هيلا ، وهو خط الخلية المُخلد المستخدم أيضًا لإنتاج لقاح شلل الأطفال.

كورفيلفا mrc5 5

يرجى ملاحظة أن ترجمات خلايا هيلا الممثلة في مؤامرة السيرك بواسطة خطوط النواة ، تتم إحالتها إلى الجينوم بأكمله (ومن ثم الجزء الترميز وغير الترميز) ، بينما في حالة خلايا التطعيم الجنينية فإنها تشير فقط إلى جينات الترميز .

ليست هناك حاجة إلى أن يكون عالما لفهم من السيرك ، ببساطة في لمحة ، أن جينوم اللقاح ليس جينومًا يمكن تعريفه بأنه "طبيعي". الخطوط البرتقالية المتشابكة في وسط السيرك ، ليست كثيرة في الحلقة المقابلة من الجينوم "الطبيعي" ، لها معنى بالفعل في شذوذ هذا الجينوم.


تحليل متغير في جينات السرطان

يُظهر تحليل المتغيرات SNP و InDels و CNV و SV على 560 جينًا تم اختيارهم لأنهم متورطون في أشكال مختلفة من سرطان الإنسان وجود العديد من المتغيرات "الأصلية" ، وهذا يعني أنهم موجودون ، ولا حتى موجودون في قواعد البيانات العامة ، وبالتالي غير معروف في الأدب. وبعبارة أخرى ، تم تحديد تعديلات مهمة للجينات المعروفة بأنها مرتبطة بأشكال الورم المختلفة ، بالنسبة لجميع الجينات التي تم التحقق منها والبالغ عددها 560 ؛ علاوة على ذلك ، هناك أشكال مختلفة لا تُعرف عواقبها ، ولكنها تؤثر ، على أي حال ، على الجينات المشاركة في تحريض سرطان الإنسان.


النتيجة

الحمض النووي الجينومي البشري الموجود في لقاح Priorix lot. ن. من الواضح أن A71CB256A هو أمر شاذ ، حيث يمثل تناقضات مهمة إذا ما قورنت بجينوم بشري نموذجي ، أي كائن بشري سليم. هناك العديد من المتغيرات غير المعروفة (غير مذكورة في قواعد البيانات العامة) وبعضها موجود في الجينات المشاركة في السرطان. ما هو شاذ أيضًا ، فائض الجينوم الذي يظهر تغييرات في عدد النسخ (CNV) والمتغيرات الهيكلية (SV) ، مثل الترجمة اللغوية ، والإدخالات ، والحذف ، والازدواجية ، وانعكاساتها ، التي يتضمن الكثير منها جينات.

المساهمة المحتملة للعديد من المتغيرات (غير موجودة في الأدبيات العلمية وفي قواعد البيانات العامة) في النمط الظاهري للخلايا المستخدمة لنمو فيروسات اللقاح غير معروفة.


داخل PDF ، ستجد جميع الأفكار المتعلقة أيضًا بتأثيرات التحية والمراسلات مع EMA.


تنزيل: CORVELVA-MRC-5 الواردة في وPriorix-تترا-الكامل-الجينوم التسلسل