Z poprzedniego raportu z analiza metagenomiczna Gardasil 9 pojawiła się obecność fragmentów L1 genomu wirusa HPV, ale nie zidentyfikowano, do jakiego rodzaju wirusa brodawczaka należą (szczepionka zawiera szczepy 6, 11, 16, 18, 31, 33, 45, 52, 58).

Z analizy proteomicznej okazało się, że brakowało szczepów 11 i 58, co budzi wątpliwości co do skuteczności szczepionki, w rzeczywistości brak można interpretować na różne sposoby:

1. z obecnością białka antygenowego, ale podprogowego;
2. z obecnością białka w niezidentyfikowanej części, ponieważ jest on chemicznie związany z glinem, a zatem jest niestrawny i nierozpuszczalny (mamy wątpliwości, że niewydolność trawienia in vitro ma miejsce również in vivo, co zapobiega tworzeniu się swoistych przeciwciał przeciw białemu antygenowi szczepionkowemu, który musi zostać podzielony na krótkie peptydy, aby stymulować prawidłową odpowiedź przeciwciał);
3. przy braku białka.

W każdym przypadku odpowiedź immunologiczna może być częściowa lub zerowa (w raporcie krótkie wyjaśnienie, w jaki sposób zachodzi odpowiedź immunologiczna).

Aby odpowiedź była humoralna, co prowadzi do powstawania przeciwciał, co następuje po szczepieniu, antygen musi zostać strawiony i wystawiony na błonę komórek prezentujących antygen (APC).

Proces przygotowania szczepionki obejmuje rekombinowaną syntezę głównych kapsydowych białek L1, które same składają się w otoczkę 72 pentamerycznych kapsomerów z wytworzeniem cząstek wirusowych (VLP). Złożony pseudowirus jest bardzo podobny do natywnego wirusa brodawczaka ludzkiego i jest wysoce immunogenny.

Z naszych analiz potwierdzono, co następuje

• Na podstawie badań metagenomiki fragmentów L1 szczepów szczepionkowych przeciwko HPV stwierdzono, że szczep 58 nie występuje zarówno jako DNA, jak i RNA, może to wynikać z tych samych powodów, dla których nie znaleziono białka, jak również sekwencjonowania DNA i RNA może być utrudnione przez wiązanie z glinem (jak wykazano w jego badaniach prof. Lee cytowanych później w notatkach), lub rzeczywiście może brakować antygenu.
  
  
• Brak DNA i obecność RNA dla typów 16, 6, 11, 33, 52, 45, 31 wskazuje, że szczepy są obecne i stwierdzono je również w analizie metodą LC-MS z wykrywanie białka, z wyjątkiem szczepu 11.
  
  
• Szczep 20 nie jest zadeklarowany w karcie danych, dlatego można go uznać za potencjalne zanieczyszczenie.
  
  
• Kopie wirusów zwanych ludzkim wirusem brodawczaka i niepodpisane Papillomaviridae są fragmentami fragmentów L1, których nie można przypisać konkretnemu szczepowi.
  
  
• W celu uzyskania dalszych informacji fragmenty L1 obecne w największej liczbie kopii, tj. Szczepy 18, 16 i 6, zsekwencjonowano i potwierdzono.
  
  
• Implikacje związane z obecnością tych fragmentów są już zgłaszane przez prof. Lee w swoich badaniach, to znaczy, że obecność aluminium stabilizuje jego degradację, zwiększając jego zdolność do aktywowania silnej długoterminowej odpowiedzi zapalnej i transportowania przez układ limfatyczny do makrofagów w różnych rejonach ciała.

Podsumowując

• Brak szczepu 58 został potwierdzony.
• Ze szczepu 11 obecny jest tylko RNA z bardzo małą liczbą odczytów (6 odczytów).
• 545 odczytów odkształcenia 20 jest prawdopodobnym zanieczyszczeniem, które świadczy o niezgodności w stosunku do karty danych technicznych.

Download: CORVELVA-Insights sekwencjami-L1 genomu HPV-Gardasil-9.pdf