Raport wirusowy quasispecies wykryty w dwóch seriach Priorix Tetra
Ten raport jest bardzo techniczny, szczególnie dla „profesjonalistów”, ale zalecamy przejrzenie całego dokumentu, który można znaleźć w linku na dole artykułu, w którym próbowaliśmy w prosty sposób wyjaśnić powody, dla których badanie quasispecies jest o tak wielkim znaczeniu. Pozwala ocenić różne aspekty:
- jeśli wirusy zawarte w szczepionce są w stanie niekontrolowanie zmieniać się między partiami,
- jeśli jako całość zmutowana populacja może zawierać wirusy zdolne do odwracania i infekowania zaszczepionych,
- czy ta populacja może działać, wywierając selektywny nacisk na środowisko, powodując nieuchronną oporność na szczepionkę.
Co znaleźliśmy?
Pierwsze wyniki analizy genomu wirusów szczepionkowych zawartych w dwóch seriach Priorix Tetra potwierdziły, co następuje:
- Ospę wietrzną (wirus DNA), wirusy świnki i odry można sekwencjonować.
- Wirus różyczki nie był w wystarczającej ilości do sekwencjonowania.
- Spośród trzech zsekwencjonowanych wirusów wirus odry był niewystarczający do zbadania obecności zmutowanych populacji.
Wynika z tego, że wirusy ospy wietrznej i świnki zostały dogłębnie zbadane. Wyniki potwierdzają dane literaturowe dotyczące obecności quasispecies dla obu wirusów.
W genomie szczepionkowej ospy wietrznej zidentyfikowano 245 wariantów w porównaniu do genomu referencyjnego zastosowanego do analizy (dziki genom szczepu Dumas). Spośród tych wariantów 154 to warianty „główne” w porównaniu do dzikiego wirusa obsługiwanego przez wszystkie sekwencje pokrywające miejsce polimorficzne, podczas gdy reszta 91 to niewielkie odmiany (warianty mniejszościowe), tj. miejsca, które wykazują, w odniesieniu do genomu referencyjnego, mutację o częstotliwości mniejszej niż 100% (ogólnie od 1% do 80%).
Z porównania wariantów znalezionych w dwóch seriach nie wynika żadna różnica, ponieważ ospa wietrzna jest wirusem DNA o mniejszej częstotliwości mutacji.
W genomie szczepionki przeciw śwince zidentyfikowano 40 mniejszych wariantów w porównaniu z genomem referencyjnym zastosowanym do analizy (Genom szczepionki Jeryl-Lynn), najbardziej zlokalizowany w genie NP (białko nukleokapsydowe) i wywierający niewielki wpływ na białko (warianty synonimiczne, tj. Nieprowadzące do zmiany aminokwasów) lub umiarkowany (warianty „mylące”, tj. do zmiany aminokwasu lub do niesynonimicznych mutacji) w kodowanym białku.