Przypadkowe wirusy i różyczka w partii Priorix Tetra A71CB256A

Podczas fazy przesiewowej oceny zanieczyszczeń i zanieczyszczeń szczepionki Priorix Tetra pojawiły się różne krytyczne problemy: pierwsza dotyczyła niewykrycia wirusa różyczki z zastosowanym poziomem sekwencjonowania; ponieważ wynik ten wątpił w błąd w stosowanej procedurze, poziom sekwencjonowania został znacznie zwiększony, aż do osiągnięcia bardzo dużej głębokości (wyprodukowano 260 milionów sekwencji). W ten sposób wirus różyczki wykryto w 114 kopiach, co stanowi 0.00004% wszystkich sekwencji, a dzięki ręcznemu odczytaniu sekwencji możliwe było wyeliminowanie dowolnego źródła błędu zastosowanego oprogramowania i definitywne potwierdzenie obecności różyczki w próbki.

Jednak ta procedura pozwoliła również na identyfikację wirusów przypadkowych obecnych w małej liczbie kopii, a zaobserwowano, że liczba wirusów przypadkowych przewyższyła liczbę kopii różyczki. Potem pojawiły się dwa inne bardzo ważne pytania do rozwiązania:

1. Czy różyczka obecna w szczepionce jest w wystarczającej ilości, aby wywołać efekt immunogenny, czy może być uznana za podprogową (to znaczy jako przypadkowe zanieczyszczenie)?
2. Czy wirusy przypadkowe są naprawdę obecne? Jeśli tak, to czy mogą być niebezpieczne?

Odnośnie do punktu 1) możemy zakwestionować zdolność atenuowanego wirusa różyczki do działania jako antygen immunogenny ze względu na znikomą liczbę kopii i osłabienie, które dodatkowo osłabia jego skuteczność, dlatego możemy uznać go pod każdym względem za zanieczyszczenie podprogowe

Odnośnie do punktu 2) lista przypadkowych wirusów wykrytych przez badanie przesiewowe poprzez porównanie z sekwencjami zdeponowanymi w oficjalnych bazach danych zawierała znaczną liczbę wirusów, których identyfikacja mogła zostać błędnie przypisana przez oprogramowanie, które je sklasyfikowało, właśnie ze względu na stopień niepewności związany z bardzo niskim liczba kopii. Aby potwierdzić ich obecność, konieczne było ich ręczne sprawdzenie za pomocą innego oprogramowania (BLAST), dzięki czemu możliwe było potwierdzenie obecności następujących retrowirusów:

Wirusy te są znane jako przypadkowe zanieczyszczenia szczepionek i znane jest ich potencjalne niebezpieczeństwo, dlatego producenci są zobowiązani do zweryfikowania ich całkowitej nieobecności w szczepionce.

Wynika z tego, że z tej dogłębnej analizy w tej szczepionce potwierdzono dwie niezgodności dotyczące skuteczności i bezpieczeństwa:

• Obecność w bardzo małej liczbie kopii (poniżej progu) różyczki
• Obecność potencjalnie niebezpiecznych wirusów przypadkowych

Jeśli chodzi o potwierdzenie śladów innych genomów znalezionych w danych sekwencyjnych RNA, takich jak „niesklasyfikowane wirusy bakteryjne i środowiskowe”, które obejmują sekwencje fagów, „wirus dsRNA” i „niesklasyfikowane wirusy RNA ShiM-2016”, które obejmują mało znane genomy wirusowe, wymagana jest dalsza dogłębna analiza ręczna, aby wykazać prawidłowe przypisanie i skuteczną obecność. Obecność wirusa zapalenia wątroby typu B NIE została potwierdzona analizą BLAST.

Poniżej znajduje się tabela podsumowująca to, co opisano w tekście:

* Ręcznie potwierdzone za pomocą oprogramowania BLAST

Download: CORVELVA-Insights-obecność-różyczka i-wirusy-uboczne-Priorix-Tetra.pdf